カレンダーとiCalの同期で「終日」じゃないと日時がずれます

バグではなく、設定の問題でしょう。
＞時計の設定も2.1アップ時にクパティーノに戻されていた
「時計」とは「時計」アプリのことでしょうか？
もしそうであれば、ここを変えてもiPhoneのシステム自体の時間は変わりませんので、「設定＞日付と時刻＞時間帯」を東京に設定する必要がありますね。
現状で既に東京になっているようでしたら、一度、他のところに変えて、再度東京に設定し直してみると良いのではないかと思います。
時間のズレかたを見ると、クパティーノに設定されたままに思います。
(「仕事A」と「仕事B」のズレ時間が違うのが気になりますが…)

2.1の公開直後にアップデートして、同日「設定＞一般＞日付と時刻＞時間帯」を
東京に直してます。その後で、初めてiCalに入力し、それをカレンダーに同期させま
した。
と、これを書きながら、今見つけました！クパティーノから東京に戻さないといけ
ないところがもうひとつありました。「設定＞メール／連絡先／カレンダー」の
一番下に、「時間帯サポート」が…。「日付と時刻＞時間帯」だけでなく、ここも
ここもクパティーノから今東京に変えました。これで解決できると思います。
お騒がせしましたm(_ _)m