mpegなどのビデオクリップの音が消えてしまう。

おそらく、それで正常です。
iTunesは、動画と音声をQuickTimeで扱います。QuickTimeは、一般的なMPEG1ファイルの音声を動画トラックの一部と見なすため、変換時に音声トラックのない動画ファイルとして処理します。よって、音声が失われます。
(さらに、MPEG2ファイルについては、Windows版では扱えないようです。(未確認))
対策としては、iTunes以外のソフトでiPod対応の動画ファイルに変換する方法が挙げられます。下記のソフトが有名です。
「携帯動画変換君」
http://www.forest.impress.co.jp/lib/home/ktai/ktaipic/keitaidouga.html
AVIファイルについては、もう少しややこしくなります。
QuickTimeはAVIファイルを扱えますが、Windows Media Player用ではなく、QuickTime用のコーデックを必要とします。そのため、必要なコーデックがインストールされていなければ、Windows Media Playerが再生できるAVIファイルであっても、再生できません。
対策としては、必要なコーデックを見定めて、それをインストールすることになります。しかし、これがわからない場合は、iTunes以外のソフトで変換することをお勧めします。上記のソフトが役立つでしょう。
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解決しました。素早い回答有難う御座います。
こっち方面の話には本当疎くて…助かりました。

>(さらに、MPEG2ファイルについては、Windows版では扱えないようです。(未確認))
別売品のMEPG再生コンポーネントを購入すれば、できます。(^^;
(何をボケてたんだか…＞自分）

あのう、続けて質問してしまって悪いのですが・・・
ＭＰＥＧ−４に変換して取り込んだものの、
取り込んだ後から再生できなくなりました。
・・・何か不具合でも有ったのでしょうか？
取り込む前はちゃんと再生できていたのですが。