iTunesで同名のファイルの整理の仕方

難しいですね。
楽曲数が少ないようでしたら、ファイル名を曲名に変更するのがよいと思います。今後作成する場合はこれをお勧めします。
ディレクトリ名にはアーティスト名をつける。
問題は、今までの楽曲ですが、
http://www.vector.co.jp/vpack/filearea/win/art/sound/mp3/
あたりで、MP3 ID3タグ　編集　用のソフトを持ってきて編集するのがベストかな。EXCELとやりとりできるのもありそうなので、
使いやすいものでこつこつと編集しかないですね。

こんな方法は、いかがでしょうか？
１）iTuensに取り込んだMP3ファイルを、iTunesから削除する。
２）元のMP3ファイルのうち１つのフォルダだけ、iTunesにドラッグ＆ドロップする。
３）iTunesで取り込んだ曲をすべて選び、「アルバム」名として元のフォルダ名を付ける。
４）別のフォルダをiTuensにドラッグ＆ドロップする。
５）手順３と同じ操作をする。
６）手順４〜５を繰り返す。
なお、iTunesフォルダにMP3ファイルをコピーしたのではなく、HDD内のMP3ファイルがiTunesに登録されている状況の場合、手順１の操作に注意します。選択肢が表示されるので、MP3ファイルをゴミ箱に移すのではなく、元の場所に置いておくことを選びます。

>ID３タグをつけるようなのでしょうか？
iTunesから「情報を見る」で各曲にアーティスト名、アルバム名、曲名を適宜に入れていけば，対応する名前のフォルダが作られ，曲名に相当するファイル名で格納されていきます。ついでに、同一アルバム内では、ＣＤのように曲番号もセットしておくのが良いかも。
最初は大変でも、次にコピーしたときに便利（バックアップを戻すときや、別のPCに移すときなど）。

野尻隆裕 様　abcdefg 様　ありがとうございました。
　とても丁寧に教えていただき助かりました。
アドバイス通りの「ドラッグアンドドロップ」「一括でのアルバム名入力」等で解決しました。
簡単で恐縮ですが、お礼申し上げます。

t-dragon 2000 様　野尻隆裕 様　abcdefg 様
ありがとうございました。
大変丁寧に教えていただき助かりました。
野尻様のアドバイス通り「ドラッグアンドドロップ」「一括でのアルバム名入力」で比較的楽に解決しました。
簡単で恐縮ですが、お礼申し上げます。

私も同じような問題で悩んでいます。
今現在 PCの外付けHDD(E)に音楽を約２万曲余り入れてITUNEとリンクさせております。
各曲に評価の★印を付けておりますが、今度外付けHDD(F)に変更したいのですが、評価の★印をそのまま反映させてFディスクに替えるにはどうすればいいんでしょうか。
Fディスクには同じ曲目をコピーしております。
ITUNEのバージョンは7.7.1.11です。

お願いですから、サポートページを読んでください。
１）上の「サポート」をクリック
２）左側にある「iPod + iTunes」をクリック
３）中央の「iTunes」をクリック
４）一覧内の「音楽ファイルを新しいコンピュータに移行する」をクリック

お願いですから、サポートページを読んでください。
１）上の「サポート」をクリック
２）左側の「iPod + iTunes」をクリック
３）中央の「iTunes」をクリック
４）一覧の「“iTunes Music”フォルダの移動」をクリック
これで方法がわかるはずです。
または、iTunesのヘルプを読んでください。
１）iTunesのヘルプを立ち上げる
２）検索欄に「ライブラリ」と入力して検索する
３）「複数のiTunesライブラリを使用する」という項目を読み、Fドライブにコピーしたライブラリを使うよう設定する
P.S.
>私も同じような問題で悩んでいます。
トピック主の質問とは、全然別の問題です。

野尻隆裕さんがお書きのことプラス、iTunesのボードで、"ライブラリ"・"コピー"とか、"ライブラリ"・"移動"とかのキーワードで検索。