入力レベルが強い？

＞オーディオインターフェイスのoutputレベルが10中3で
それに接続したスピーカーの再生レベルが10中7
モニターするアンプで増幅する度合いが高い程、ノイズは大きくなります。
スピーカーを鳴らすアンプでもヘッドフォンを鳴らすアンプでも、多かれ少なかれヒスノイズは出るのでミキサーやオーディオインターフェースの出力を下げ目で、アンプ側でそれを補えばアンプ固有のヒスノイズは当然目立ちます。
また、インターフェースの出力にもノイズは有って、それも一緒に増幅してしまうのでノイズが目立つ事も考えられます。
＞適正な割合でない場合ノイズが底上げされるなどの不具合が発生するのでしょうか？
上記の事から判ると思いますが、そういう事になります。
インストの音が大きくなったのは、何か設定が変わったのかも知れませんが、最近ロジックエクスプレスを買ったばかりの僕にはアドバイスは出来ません。
ただ、大きい音なら音を小さくすれば良いですし、音が割れなければ（一般にはメーターが振り切れなければ）特に問題はないと思うのですが、どうでしょうか？

>最近オーディオインターフェイスのoutputレベルつまみと
>スピーカーの再生レベルつまみのバランスを変えたのですがその関係でしょうか？
冷たい言い方になってしまって申し訳ありませんが、
そう思われるのであればもとのセッティングに戻して試されてみては如何でしょうか？
それはさておき。
メトロノームだけを鳴らすと、
[Output 1-2]のレベルメーターは通常真ん中付近まで振れると思うので、
クリップぎりぎりまで振れるのはおかしいですね…。
[Output 1-2]には Comp や Gainer といった増幅効果のある Plug が挿さっていませんか？
あるいは Level のスライダーが天井（+6.0db）に到達していることも無いですか？
既存ファイルではなく、完全な新規ソングを開いてメトロノームを鳴らしても同じですか？
一応念のため、上記の件を知らせて頂けると回答が付きやすくなるかもしれません。
スピーカー（ヘッドフォン）に混入してくるノイズの件は、
上記の件が関係あるとも言えますし、別問題の可能性も否めません。
基本的に...
　Audio 信号の起点（楽器など）は"可能な限りデカい音"で
　逆に Audio 信号の終点（スピーカーなど）で"好みの音量"で
という考え方でセッティングをすると無駄なノイズを省く事が出来ます。
例）
囁き声は、なんぼ大音量で鳴らしても囁き声のままで聞きづらいのは同じです
囁き声で聞きづらければ、大きな声で喋ってもらうと聞きやすくなります
……という理屈と同じようなもの、かな(^^ゞ

タカシさん、アドバイスありがとうございます^^
私の環境ではアンプ内蔵のスピーカーなのでスピーカーの音量ノブを下げて音量調節したほうがノイズが目立たなくなる場合が多いということになるのでしょうか…。
確かに音量が大きいのならば音源のマスターボリュームを下げてoutputでクリップしないよう調節すればれば何一つ問題ないのかもしれませんね？？
しかし昨日はあんなに気になったオーディオ再生時のノイズが今朝起きてから確認してみると殆ど気にならなくなっていました。特に設定や音量バランスを変えたわけではないのですが…、ケーブルや電波など何か見えないとこからの影響なのでしょうか？
しかし常にノイズが出ているわけではなくオーディオ信号を受信、再生している時だけノイズが出ていたので（サンプラーのサンプルに混じったフロアノイズのように）オーディオインターフェイス前後の段階で生じていたと思うのですが…。
使用環境のどこかで日によって不具合が発生しているのか、それともその日による耳の感度の調子の変化で聞こえなくなっただけでしょうか（そんなことって無いですよね？）
とりあえずもう少し様子を見てみようかと思います、
何か狐につままれたような気分です(--;

k.j.xさんアドバイスありがとうございます^^
＞もとのセッティングに戻して試されてみては如何でしょうか？

説明が足りずすみません。セッティングをもとの値（付近）に戻したり他にも色々なバランスを試してみたのですがノイズはあまり改善されませんでした。
メトロノームですが設定でメトロノーム設定で音量を抑える事ができるのですね^^良く調べず質問してしまい申し訳ありません。
タカシさんへの返信ではノイズは気にならなくなったと書いたのですが先ほど再度ためしてみましたら昨日同様のノイズを確認しました。（朝聴いたときは気にならなかったのですが…寝起き後しばらくは聴覚が鈍くなっているからでしょうか？それとも朝はノイズが発生していなかったのでしょうか）
音色の再生と共にノイズも再生されるので最初は使用しているソフト音源のサンプルに含まれるフロアノイズかと思ったのですが、Logic付属のソフトシンセやメトロノームでも同様に確認できます。
特にバスドラムなど周波帯が低くリリースタイムの殆ど無い音色のソロ再生では音色減退後ノイズのみがしばらく（170BPMで1〜2拍ほどの間）残るのがかなり目立ちます。
このノイズってもともと防ぎようの無いものなのでしょうか？
全音色にフィルターやディノイザー等でノイズを消す作業を必ずするものなのでしょうか？

＞このノイズってもともと防ぎようの無いものなのでしょうか？
全音色にフィルターやディノイザー等でノイズを消す作業を必ずするものなのでしょうか？
いえ、その様な「割れ蓋に綴じ蓋」の様な事はしないでしょう。
（もし、絶対使わなければいけない、使う必要が有るものなら基本操作として、アプリ本体に組み込まれるでしょうしね）
そうしなければならない程に楽器類の音にノイズがまとわりついたりするのなら、何か設定、パラメータのセッティング、モニター周りのセッティングなど、基本的な事を解決（操作の理解）をしないと行けない様な気がします。
インターフェース類の品番が判りませんが、海外の製品だとACの電圧変動やたこ足配線などでもノイズや誤動作を起こす事はあります。
ただ、それとは違う気がするので、ごくシンプルな状態から確認を進めて、何の操作をした時にノイズを感じるのか検証してみてはどうでしょうか。
もし、出っぱなしであるなら故障かも知れませんしね。

・レベルメーターの件
これはメトロノームの音量設定が変わっていたのが原因だった、ということでしょうか？
ノイズ混入とは切り離して考えたいのでメータの振れ幅の件についてのみお知らせ頂けますか？
レベルメーターの件も含め、以下の確認をしてみて下さい。
（既に実行済みだった場合はご容赦を）
１）OS 上で新規アカウントを作成して、同じ症状が出るか確認してみて下さい
［レベルメーターの挙動］、［ノイズの混入］
２）Firewire Audio I/O を外し、PMG5 に Head Phone を直結してみて下さい
［ノイズの混入］
症状や現象は単純なものですが、
その要因となると推測できる要素が結構あるので的を絞りにくいと思います。
タカシさんも書いて下さっていますが、
とにかくシンプルな状態（新規ユーザで、外部機器なし　など）を作り、
上にあげたような確認をしてみて下さい。
あれこれ推測するよりも、問題箇所を切り分けられるようにした方が結果的に近道になるはずです。

文面からの推測ですが、
ノイズが乗る場合、配線が問題なければFiewireのI/Oが怪しいと思います。
皆さんが書かれているように、まずは何がダメなのかはっきりさせたいですね。
まさかMOTUのですか？
だったらミューズテクスに聞いた方がいいですよ、インターフェースの故障の可能性があります。

返信が遅れ申し訳ありません！
メトロノームの設定ですがクリック音のレベルは10中9分目程の音量設定になっていました。初期設定では真ん中なのでしょうか？変更した覚えはないのですが…。
クリック音量を真ん中に設定し直しましたらメータの振れ幅も前にお聞きした正常な値になりました。
ご支持のとおり切り離し確認作業色々試してみてから後ほど追記致します。
親切に細かくアドバイス頂きありがとうございます。

shakeさん、アドバイスありがとうございます。
FiewireのオーディオインターフェイスですがローランドのFA-66を使用しています。
ちなみにスピーカーは同じくローランドのMA-15Dを使用していまして両機共光デジタルケーブルに対応しているので、前にデジタル接続で出音を確認したのですが、やはりノイズが確認できました。

［参考］メトロノームの音量設定について＠Logic Express 7.2.2
｜　｜　｜　｜　｜　｜　｜　｜　｜　｜　｜
　　　　　　　　　　　　　　△
初期値ではこの位置に音量が設定されていました（Pro は違うのかな？）。
この状態において、
Output 1-2 のレベルメーターはほぼ中間点辺りまで振れています。
→Output 1-2 への Plug-In は一切なし、
　ボリュームスライダはデフォルト位置（0.0 db）の状態
役に立つとは思えませんが（苦笑）、とりあえず参考まで♪