日本語キーボード配列が認識されない。

PMUリセットをしたらどうでしょう。
[MacBook および MacBook Pro の、パワーマネージメントユニット (PMU) のリセット]
http://docs.info.apple.com/jarticle.html?artnum=303319-ja

ボクのも同様の症状でした。ただ毎回と言うわけではなく、正常に日本語キー配列になっているときもありました。起動時にcaps lockが点くとUS配列、点かないと日本語配列でした。boot camp使用時は、やはり起動時にcapslockが点くとUS配列、さらにトラックパッドの2本指スクロールや右クリックが機能せず、ポインターの動きも変でした。サービスに持ち込んだら、キーボードの交換になりましたよ。

ぽん太さん、sakanaさん、返信ありがとうございます。
PMUのリセットを試みましたが、残念ながらまだUSキーボード配列です。
明日にでもapple storeに駆け込むつもりです。appleの店ではどうしようもないとは思いますが・・・。今週末から出張で必要なのになぁ〜。全く困ったものです。
なんとかソフトウェア的に誤魔化す設定ってあるのでしょうか？

PMUのリセット、何度かやってみると良い場合があります。リセット中の電源ボタンを押すのを長めに(10秒くらい）押すのもアリかも。（つまりはちゃんとPMUリセットがかかっていなかったりする場合がるという事です）

僕のMacBookもまったく同じ症状が起きました。
PMUリセットしても変わらず、そのうちにcaps lockのLEDが暗くなり点滅し始めたので、結局修理に。。。
キーボードのトップパネルとロジックボードの交換になり（交換してしまったので原因は解らず）ました。
ぶりっくさんも修理に出してみることをお薦めしますよ。

皆さま、お返事ありがとうございます。
レスが遅くなって申し訳ありません。
出張直前に「ことえり」とは違う入力環境をインストールした所、
キーボード配列が正しく認識されているような感じです。
全く原因ははっきりしていません。
ソフトウェア的な問題だったのかなぁ〜。
とにかく不思議です。
とりあえずしばらく様子を見てみます。
皆さま、色々とありがとうございました。