スリープから立ち上がるとモニタ下部が部分的に暗くなる。

LEDバックライトのモデルでしょうか？
症状から推定すると、一列に並んでいるLEDの奇数あるいは偶数番目のものが点灯しないあるいは暗いといった状況だと思われます。
LED自体ではなくLEDを制御している回路の障害か、それを制御するソフト部分の不具合ですが、問題がどちらかを切り分けるにはクリーンインストールされたOSで試してみる必要があります。
再復帰するときは問題ないということからソフト的な問題である可能性のほうが疑われますが...
まずはOSインストール前にSMCのリセットを行ってみることを勧めます。
http://support.apple.com/kb/HT1411?viewlocale=ja_JP

私のもなります．
症状の再現性は，なる時は何度も繰り替えされますが，
ならない時はならないという感じで困ります．
PRAMクリアで一時は改善しましたが，すぐに再発したので
購入したところで検証中です．
たしか，バッテリー駆動で残量が少ないと発症しやすかった気がします．
SMCのリセットというのは知らなかったので実行しませんでしたが，
これで直るのならショップに戻さずに済んだのかも．
まさしくこれです．
ttp://taisyo.seesaa.net/article/95479848.html

不具合発生のモデルは、Early 2008 モデル でしょうか？
自分の Mid 2007 モデルでは、その様な現象は起きておりませんが(^^;。

さっそくSMCリセットをやってみました。
今の所再発しておりません。
結構出ている症状のようですね。
私も一度Appleストアに持っていってみようと思います。

この現象が発生しているのはEarly2008モデルのようです。
発表直後、某掲示板でも話題になってました。
私のもMBP/Early2008モデルですが現象は発生します。
ただし購入直後〜10.5.2を使用している時は
輝度設定を手動で最小（つまりLEDオフ）状態にしたあとに
発生しましたがスリープからの復帰では発生してませんでした。
しかし10.5.3にUpdateしたらスリープ復帰時に出るようになりました。
偶然発見したのですがスリープさせた直後にキーを叩き
すぐ復帰するようにすると現象発生をほぼ回避できます。
（100%ではないです．．．）
修理に出すの面倒なのでこれでだましまだし使おうと思ってます。
（直らないかもしれないしね．．．）

販売店に動作確認に出したところ，
『ハードウェアのリセット、PRAMクリア、OSの再インストールを行い4日間動作を見ていましたが、4日目に現象が再発しました。』
とのことでアップルに修理送りになりました．

6/9にロジックボード交換で戻ってきました．
OSも再インストールされてたので，様子を見ながら一からアプリの入れ直しして,さあ，データの移行をしようと思ったら今日再発しました．
どうなってるの．