スティッキーズのタイトルバーがメニューバーの下へ

ステッキーズの初期設定ファイルは
$HOME/Library/Preferences/com.apple.Stickies.plist
なんですが、そういう座標情報はないようです。
とすると、ステッキーズデータ本体
$HOME/Library/StickiesDatabase
に座標情報が仕込まれていると思われます。
「新規メモ」作成でメニューバーにもぐってしまうことはないですが、
他のアプリケーションのウィンドウと違って、メニューバーの下端で
止まってくれないので、メニューバーの上端までウィンドウを持っていけて
しまいます。この状態でマウスドラッグの手を緩めると、morebass さんが
困っているのと同じ様な状況に陥りますね。
最初、AppleScript でウィンドウを動かそうとしましたが、
なんと、スクリプティングに対応してません。
対応策ですが、StickiesDatabase をリセットする事しか思い付きません。
手順は以下の様になるかと。
現在のステッキーズのテキストデータをテキストファイルなどに
移してステッキーズを終了させ、スティッキーズデータ本体を
$HOME などに移動させます。
次にスティッキーズを起動すると、新たにスティッキーズデータファイルが
作られます(初期状態)。
これに、バックアップしたデータを反映させてみてください。
【追記】
スティッキーズにて、ウィンドウ/ウィンドウの整理
をすると、ウインドウが一か所に集められます。おそらくApple は
この不具合を知っていて、この機能を付けているのかもしれません(苦笑

色々と検証していただきありがとうございます。
さっそく StickiesDatabaseを捨ててスティッキーズ再起動sてみましたが、残念ながら症状は変らずでした。この際と思い，マシン自体の再起動するも同じこと。
他に考えらることとして、モニター解像度を色々と変更してみますが解決せず。
そこで、自分が最近変更したと思しきシステム環境設定系として「フルキーボードアクセス」のOFFをONに切り替えたことを思い出しました。
これはスティッキーズとまったく関係なさそうなので期待はしておりませんでしたが、上記キーボード設定をOFFに戻すとスティッキーズの新規メモ画面は見事モニターの中央、少し下方に表示されるようになりました。
ところが！です。例のスティッキーズ新規メモ問題を検証するために、再びフルキーボードアクセスをONにしてみると、今度はスティッキーズの方で症状が再現できないのです。要するに一度治ってしまうと，フルキーボードアクセスON/OFFその後まるでスティッキーズと無関係といったことになってしまいました。
不可解です。

うちも同じ症状になったことがありますが、調べるとどうも
com.apple.Stickies.plistに、ViewHeightというキー/値があると、
これをデフォルトのメモのサイズとみなすようで、
これがモニタの縦の半分を超えているとタイトル部分がはみ出るようです。
この値がいつ設定されるのかは分かりませんが、
消して以降新しく同じ値が設定される様子も見られないので、
おそらくは過去のバージョンのStickiesの残したものが現行の2.1で
互換性がとれなくなってしまったのではと思ってます。
初期設定ファイルを削除してからStickiesが読み出しを行うまでの間に
たまたまフルキーボードアクセスをさわって、直った様に思えたのでは？

メモ＞デフォルトとして使用
を実行すると出来ます。＞ViewHeight & ViewWidth
新規メモのサイズを規定しています。
でもって、ウィンドウの基点が、どうやら左下隅になっているみたいです。
起動後最初の新規ファイルは、ウィンドウ左下が、画面の上から350〜400ピクセルぐらい（正確には調べてません）のところにくるようです。ですので、これより高いウィンドウをデフォルトに設定してしまうと、新規メモの上がはみ出ます。
困ったことに、いったん出来たメモの位置は、画面下側からのウィンドウの位置を記憶しているみたいです。解像度を下げると、既存メモが上にはみ出します。
ウィンドウのサイズ／位置を適当に直して画面に収める機能がないようです。

ちなみに１０．１．３ではメニューバーに持ってくと勝手にヒュイーンとデスクトップの上へかえされます