PDFとして保存できません。

直るかは解りませんが。（根拠無しもあります）
１、10.3.9 Comboをダウンロードして当て直してみる。
２、プリンタ関係の初期設定を削除してみる。（デスクトップに退避などでもいいか。変化無ければ戻せばいいです）
３、PRAMクリアしてみる。
４、キャッシュを削除してみる。
５、新規ユーザを作成して同現象か確認してみる。
をやってみて下さい。

さっそくありがとうございます。10.3.9 Comboとは、何でしょうか？どこから、ダウンロードすれば良いのか、お教え願います。

こちらからダウンロードされて下さい。
「Mac OS X Combined Update 10.3.9」
http://www.apple.com/jp/ftp-info/reference/macosxcombinedupdate1039.html

Mac OS 10.3.9 Combo Updater の事です。
10.3 以降、10.3.9 までの全てを網羅した総合アップデートです。
http://www.apple.com/jp/support/index.html
ここの下の方にリンクがあります。
＃あ、ぽん太さんとかぶっちゃいましたね。ま、いいか(^^

私も数日前、同じような症状になりました。
使っているのはAdobe Acrobat Professional 7.0です。
アップデート（7.0.0→7.0.1→7.0.2）を境に、ほかのアプリでプリント命令をかけると、そのリスト中にAdobeが出てこないというものです。
解決法は、7.0.0の原本をインストールし、起動（まだこの状態では未復旧）
「ほかで動作しているアプリケーションを“すべて”終了」
Adobe Acobatの「ヘルプ」メニュ−から“アップデートの有無を今すぐチェック”を選択（必要ファイルをダウンロード）
そして、丁寧にアップデート（2つアップデートがかかりますから、“認証”画面が“2回”）
以上で復旧しました。（調子をくずしたときは、この認証画面が出なかった←ほかで動作していたアプリケーションが邪魔した??ような気がしています。）
同じ手法で調子が戻るといいですね。おためしになってください。

未だに、直りません。10.3.9Combでアップグレードしましたが、だめでした。
システム関連ではないと思われます。OSXの仕組みはわかりません。プリント関連の初期設定、キャシュはどこにあるのでしょうか？教えてください。

＞システム関連ではないと思われます。
根拠は？
別ユーザで試されて問題なかったって事ですか？
プリント関連の初期設定は、
ユーザ＞ライブラリ＞プリファレンスフォルダー内です。
お使いのプリンタメーカーの名称の.plistがあると思います。
他にもあるかもしれませんが、プリンタ詳細が明示されていないのでこれ以上お答えできません。
キャッシュは、
ユーザ＞ライブラリ＞キャッシュ
あまり関係ないかも（って、自分で書いておいて無責任か…）

ありがとうございます。以前、HPにプリンターのトラブルで問い合わせたことがあります。その時の対処方法に、誤りがあったと思われます。アップルのtech info libraryの記述どおりに対処したつもりですが、大事なファイルを削除してしまったようです。その対処法とは以下のとおりです。
OSXにはメーカー純正のものとは別にあらかじめ非常に沢山の内臓ミニドライバがありますが、この干渉により印刷ジョブの停止、アプリケーションが強制終了など、
プリンタドライバ、アプリケーション等が本来の動作をしない問題が発生することがAppleのWebサイトに掲載されております。
　　1.ハードディスクの「Library（ライブラリ）」内にある
　　　「Printers」を開きます。
　　2.「Printers」フォルダ内の「HP」以外のものをすべて
　　　ゴミ箱に捨て、ゴミ箱を空にします。
　　　※お使いのプリンタメーカーのフォルダは
　　　　一旦デスクトップへ移動します。　
　　　　できれば、削除していただくと効果的です。　　
　　3.「Printers」をはじめ、これまで開いたフォルダを
　　　すべて閉じ、再起動します。
　　　※ごみ箱が空にならない場合、再起動後再度空にします。
Panther のCDから、必要な部分だけをインストールできればいいのですが、OS9とは違うので、無理かもしれません。古いPM(10.2.8)からコピーしてみます。

最近、私のiBook G4も同じ「PDFとして保存」出来ない、「プレビュー」出来ない現象に遭遇しました。
解決出来ましたので、よかったら一度試して下さい。
（ユーザー）→（ホーム）→（ライブラリ）→（Preferences）を開き
ファイル　com.apple.print.custompresets.plist　を削除してみて下さい。
これでプリントの「PDFとして保存」「プレビュー」共々アクティブに成ると思います。
なんなら、「com.apple.print.・・・・」で始まるファイルをすべて削除しても
お・そ・ら・く・問題は無い様でした。