Security Update 2005-003について

aoさん、リプライありがとう御座います。
実は情報を整理してから書き込もうと思い戻るボタンを押したのですが書き込まれてしまっていたようです。（確認不足でした。失礼しました）
ディスクユーティリティーでのアクセス権修復、ディスクトラブルの可能性を考えてのcccでのディスク入れ替え、それに伴う認証権修復なども試みましたが駄目でした。当然ファイルメーカーの再インストールも２回試みました。
後ほど改めて件のマシンでのコンソール表示など確認して情報ありましたら書き込ませて頂きます。
私の1.25GHzPBG4Alumiでは2005-3を掛けてもトラブルは起こっていないので原因の切り分けが困難な気がしています。
解決のヒントでもありましたらアドバイスよろしくお願いします。

＞当然ファイルメーカーの再インストールも２回試みました。
初期設定ファイルは削除（もしくは退避）は？　まだ試してないようでしたら試してみてください。

システム再起動しても取り立てて怪しいメッセージは現れず、ファイルメーカーを立ち上げてもconsole.logには何も現れませんでした。
因みにPRAMクリアは何故か上手くいかず、取りあえずシステムリセット(PMUリセット）は試みてみましたが状況は変わらずでした。
たっぷり時間を取ってクリーンインストールから始めた方が早い気がしてきましたがアプリの再インストール、データの復旧など丸一日仕事は辛いです。かつてはUNIX(IRIX)を愛用していたのですがここ数年離れていたら、もうちんぷんかんぷんです。
つくづく旧MacOSは楽で良かったと痛感しています。

HALさん、ありがとう御座います。
初期設定ファイルの場所が分からない(Library/Application Support内には見あたらない）ので探して試みてみます。

＞初期設定ファイルの場所が分からない(Library/Application Support内には見あたらない）
v.7しか手元にないので6についてはわかりませんがおそらく
$HOME/Library/Preferences 下にあるのではないかと思います。
（大抵の初期設定はここにあります）
Filemakerかファイルメーカーで検索をかけてみてください。

かつてのUNIX使用時の対策を思い出して（思い出すのが遅かった）新規アカウントを作り試したところ無事起動しました。
と言うことはシステムが原因ではなくユーザー環境に原因があることが判明、仰るとおりUsersのLibrary/Preferences内に初期設定ファイルを見つけて削除したところ無事動きました。
Security Updateにあらぬ疑いを掛けたことを反省しております。
お陰様で助かりました。ありがとう御座いました。
皆様、お騒がせ致しました。

初期設定の削除で解決したとのこと　なによりです (^^)
Unixベースということでついつい難しく考えすぎてしまいがちですが、基本はやっぱりMac OS。
初期設定やキャッシュの削除でなおる不具合も多いです。
トラブルシューティングの一つとして是非是非覚えておいてください (^^)