レスがつかないので、思いつくことを。
まずOS標準の「検索」とはFinderでコマンドキー+Fで出る検索のことですか?
結果0とは確実にあるはずのファイルやフォルダ(例えばLibrary)の名前で検索しても検索に出てこない、ということでしょうか。
Finderでコマンドキー+Fで出る検索はSpotlightという技術?を利用しています。
Spotlightは検索のために、マシン内のデータをから「index」をつくります。例えば分厚い本の目次みたいなものでしょう。
#ここから想像ですので可能性として、考えてください。
このindexはインストール後に自動的に時間をかけてマシン中のファイルを網羅しながら作られるので、もしかしたらまだindexが出来ていないのかも知れません。
しばらく使ってみてから試してみて、使えるようになっているなら、想像があたっているのかも。
#以下はそれ以外の問題だった場合、考えられる対処法です。
1.起動ディスクからディスクユーティリティでアクセス権の修復(CD起動ではありません)
2.CD起動からディスク修復
3.10.3.9Comboアップデータを再度当て直す。
4.Rebuild Spotlight Indexをする
MainMenuを使うと簡単です。
5.LaunchServicesをアップデートする(OS9のデスクトップの再構築みたいなもの)
これもMainMenuでできます。