Combo 10.3.9再インストール後に、アップデートすべきものは？

行っている事は非常に危険なupdateの方法です。Updateを落としておくか、Software Updateから落としてinstallしたほうが安全です。
Mac OS X 10.3をinstallされたらSoftware Updateをかけます。必要なUpdateを表示しますのでinstallします。お持ちでない機器のUpdateは除いて構いません。
# 私はComboを最初にinstallしてしまいます。で、残りを入れます。
再度、Software Updateをかけて表示したものをinstallします。これを繰り返してSoftware Updateが表示しなくなったら完了です。これでSecurity Updateなどは纏められて数が少なくなります。
なお、一部のUpdateはSoftware Updaeで表示しても順序が狂ってしまっているのかinstall不可のものがあります。次のSoftware Updateでinstallが可能になります。
参考まで...
# 最新のUpdateが出た時にPanther+Comboを入れたもの。
Software Update
iCal 1.5.5
iSync 1.5
Mac OS X Update Combined 10.3.9*
Software Update
Daylight Saving Time Update 1.0*
iTunes 7.1.1
iTunes Phone Driver 1.1*
Java Security Update 4.0
Java Update for Mac OS X 10.3.9 1.0
QuickTime 7.1.5*
Safari update 1.3.1*
Security Update 2005-004 1.0
Security Update 2007-002 1.0*
Security Update 2007-003 1.0*
Software Update
Java Update for Mac OS X 10.3 Update 5 5.0
# *は再起動が必要です。当方で不必要な物は除いてます。
1) pkgを捨てもinstall出来るものと出来ないものがあります。順序が違うとinstall出来ないものがあるからです。イレギラーな方法ですので自己責任で行うしかないと思います。
2) これは何とも言えません。Pantherは10.3.9で終わっていますしUpdateの順番も狂ってしまっていますし、順番を修正したComboのリリースはないでしょうから... 今後出るのはSecurity Update、QuickTime, iTunes位だと思います。

ぴっぴ様 　早速のご回答、感激です。
> 行っている事は非常に危険なupdateの方法です。Updateを落としておくか、Software
> Updateから落としてinstallしたほうが安全です。
ありがとうございます。留意します。
ぴっぴ様の記事の前半部分は、 Mac OS X 10.3の新規インストールから始める場合の方法と
理解しました。
当方の現況は、ソフトウェア・アップデートをかけても、過去に一度アップデート済のため
「お使いのソフトウェアは最新のものです」と表示されます。
お教え頂いたように新規インストールからの手順をたどるのは、ためらってしまいます。
小生は、OS10.4.9を別partitionにinstall済です。
しかし、使い慣れたEudoraが10.4では 「互換性を調査中」のままなので、10.3.9を
使い続けているのが正直なところです。
10.4.9に移行の準備を一応済ませてから、10.3の問題の解決に当たるのが安全なようも思えます。
もっとも、10.4にうまく移行できれば、10.3をいじる必要などないのですが・・・。

直し直し使っていたOSXより綺麗なOSXのほうが移行やUpdateがスムーズに行くと思います。
一度、Software Updateで確認しながらUpdateされたほうが良いと思います。出来れば必要なUpdateを落としてSoftware Updateで確認しながらですが...　大して時間が掛かる分けではないと思います。
Homeをbackupしておけば後はinstallする時間だけで済んでしまいます。/Applicaionsに入れた3rd partyのappsは新たにinstallしたほうが良いと思います。
正直なところ、lsbomでinstallされるfileを確認してとなると大変な作業になりますし、Updateの順番を間違えるとinstallされないという事になります。UpdateはOSX 10.3からprogramされていますので...　すでに最初のSoftware Updateで表示されるQuickTimeがinstall出来ない問題が出ています。次のSoftware Updateでやっとinstallが可能になります。
OSX.dmgを作っておけば問題が起こっても復元で簡単に直せます。Appsやfileの切り出しも出来ますし、Apple純正のPantherのdmgがあれば移行も楽になります。勿論、移行アシスタントで簡単に移行が出来ますし、失敗しても綺麗なPantherからの移行なら問題なく行えると思います。のちのちPantherを使い続けてもOSX.dmgがあれば何かと便利ですのでお手を抜かないほうが良いでしょう。
# 当方は7W98.dmgを作って保存しています。同じVersionのappsならTigerとPantherを取り替えても使えます。現在はTigerに完全移行していますが、時々Pantherを復元して使います。Safari, iCal, Address Book, Mailは別ですが、大きなdataはlinkしてTiger, Pantherのどちらからでも更新が出来るようになっています。

ぴっぴ様　再度のご教示ありがとうございます。
手間や時間をかけないでーーという自分の考えを反省しています。
仰るとおりクリーンな状態からやり直すのがベストだと思います。
ただ、OS X 自体にまだよく慣れていないので、きちんと準備した上で作業にかかります。
また、お教え願うことがあるかと思います。よろしくお願いいたします。