Dockのアイコンが削除されない。

ソフトウェアを起動している状態でdockの中の並び順を入れ替えると、自動的にdockに登録されますが、それとは違いますか？

削除というのは、「アイコンをDockの外にドラッグしたら煙表示のあと消える」ですよね。あと、iChatやアドレスブックが起動項目になってる、てこともないですよね。
とりあえず別のユーザを作ってみて、そこのDockでも問題が再発するかどうか確かめてください。

削除は、手押し戦車さんのおっしゃる通り「アイコンをDockの外にドラッグしたら煙表示のあと消える」の意味で書かせていただきました。また、iChatやアドレスブックが起動項目にはしておりません。

手押し戦車さんのアドバイスを参考にさせていただき、いったんログアウトしてから、ルートユーザーでログインしてみました。そうしたら今度は、Dock内のiChatやアドレスブックのアイコンがハテナマークになっていました!!ルートでログインしたのは久しぶりだったので、いつからこうなったのかははっきりしません。他の機能は正常ですのでなにか、シンプルな原因だと予想しているのですが・・・

/Library/Caches/com.apple.dock.iconcache.501 を
ゴミ箱へ移動させた後、再起動するとどうですか。

ぽん太さんのご指摘の通り、/Library/Caches/com.apple.dock.iconcache.501 を
ゴミ箱へ移動させた後、再起動したところ、Dockの削除したアイコンがあらわれなくなりました!
他のユーザーでログインして、同様に処置したところ、同じく改善されました。
com.apple.dock.iconcache.501の他に、com.apple.dock.iconcache.0という
ファイルがあり、どういう意味なのかはわかりませんが、とりあえず精神衛生上、
すっきりしてよかったと思っております。
ぽん太さん、どうもありがとうございました。
上記の２つのファイルの違いはこれから勉強したいと思います。

余り詳しくないのですが、
com.apple.dock.iconcache.0 はrootでログインした為に
作成されたと思われます。
Mac OS X で普通のユーザを作成すると User ID が 501となり、
root の場合は User ID が 0 となります。