ファイル削除でもHDDの容量が減らない

10.3のCDから起動して、ディスクユーティリティで
「ディスクを修復」「アクセス権を修復」を試されてはいかがですか?

FileVault を切る。

仮想記憶のために作成されるswapfileが原因ではないでしょうか？
Finderの移動メニューから「フォルダへ移動...」を選択し、
/private/var/vm へ移動してみて下さい。
そこに、swapfile0,1,2.. というファイルがあると思います。
これらは最初にswapfile0が64MBで作られ、以後メモリが足らなくなると
1,2,3..と順番に作られます。サイズは、64,64,128,256,512とだんだん
大きくなります。
メモリが空いた後も消されずに残ってしまうようで、その分HDDの空き容量
が減ってしまいます。
再起動すれば最初の状態に戻るはずです。

レスありがとうございます。
結局、業を煮やした末、外付けHDDから立ち上げたところ、ユーザー名のフォルダの中に30GB以上もの巨大ファイルが見つかったので、これを削除したらとりあえず解決しました。ただデスクトップの設定とか、ブックマークとかは全部飛んでしまいました。
再発しないか、ちょっと不安です。

＞ユーザー名のフォルダの中に30GB以上もの巨大ファイル
どんな名前でしたか ?
同様な経験をするかもしれない人のために、お願いします。
＞ただデスクトップの設定とか、ブックマークとかは全部飛んでしまいました。
これはディスクの空きが極端に少なくなった時に現れる現象です。
初期設定ファイルは設定変更した時、そのアプリが終了する時などに更新されますが
書き換えるスペースが確保できない場合は、おっしゃるように
様々な初期設定が初期設定にリセットされてしまいます。
ディスクの空き容量には十分気をつけてください。

以下の記事が関係しているのかな。
http://www.zdnet.co.jp/products/0311/04/filevault.html
ちなみに、私は使用していません。