マウスの設定が起動の度に変わってしまう

まずはPRAMクリアの実行でしょうか。
OSX以降はマウスの設定などは、ホーム/ライブラリ/Preferences/com.apple.systempreferences.plistにあるのですが、
デバイスの設定などを記憶しています。
http://docs.info.apple.com/jarticle.html?artnum=2238

Logitech のドライバ（LCC など）はインストールしていないんでしょうか？ 両方入れて喧嘩している、とかいうことはありませんか？
基本的に、Logitech のマウスでしたら、Logitech Control Center からの環境設定で設定するのが基本だったと思います（僕も MX1000を使っているのですが、USB Overdrive を経て Steermouse に移行してしまったので、うろ覚えです。違ってたらごめんなさい）
http://www.logicool.co.jp/index.cfm/downloads/software/JP/JA,CRID=1792,contentid=7636,OSID=9
あるいはサードパーティのドライバを試すか。有料になりますが細かい設定ができて快適です。ただし、Logitech のドライバとは喧嘩をしますので、この場合は Logitech のドライバをアンインストールして使用します。

返信ありがとうございます。
PRAMクリアしてみましたがダメでした。
ログインからシステムの起動までの間、マウスの軌跡の速さは意図した設定通りのようですが、Dockを読み込んだりログイン項目を起動したりする段階で急に速くなります。
Logitech のドライバ（LCC）をインストールしております。
ドライバでは速さを設定する項目は無いので、マルチボタン等の用途設定のみを設定し、軌跡の速さはシステムのマウス環境設定から行っています。
ドライバの必要システムを見ると「Macintosh OS X 10.2.8 - 10.4.2」となっているので、10.4.3以降を使用しているのが問題なのでしょうか。確かに症状が出たのはだいぶ前なので時期的には合っているかもしれません。
もしそれが原因だとしたらドライバの対応を待つか、サードパーティのドライバしかないですね。
サードパーティのドライバは使ったことがないのですが、例などご存知でしたらお教えください。
宜しくお願いします。

>ドライバでは速さを設定する項目は無い
それは失礼しました。LCC を使っていたのはずいぶん前のことだったので、失念していました。
サードパーティのドライバについては、前のポストでも書きましたが、steermouse や USB Overdrive などがあります。両方とも買って使っていますが、機能的にはほぼ同等、インターフェースは steermouse の方がクリーンというところ。僕は LCC -> USB Overdrive と乗り換えたのですが、最近、一部ボタンの認識に不具合があり、Steermouse に再度乗り換えました。 先日、クリックボタンを認識しなくなるという不具合（原因・犯人不明）が一度ありましたが、その他は快適です。どちらも試用できますから試されるとよいと思いますが、個人的には steermouse の方がお勧めかな。 "steermouse" "usboverdrive" などで検索してください。
あと、指摘のあった plist の削除は試されましたか？ それと、別ユーザから起動してみると問題の切り分けに役立つかも知れません。

takanoさんありがとうございます。
その後、plistの削除も試しましたが改善せず、教えて頂いた「steermouse」を利用することで解決致しました。
カーソルの速さから加速度、自動的にカーソル移動などの設定ができて大変便利ですね。
また、このトピックを見ていたかのようにロジクールのサポートから連絡があり、やはり現在のドライバはOS10.4.2までしか対応しておらず、それ以降ではカーソルスピードや割り当て機能等に不具合が生じるそうです。
どうもありがとうございました。