勝手にパッケージ化されてしまいます。

聞いたことがない現象なのですが、ディスクユーティリティでのディスクの修復とアクセス権の修復は試されましたでしょうか。
ディスクの修復は起動ディスクに対してはできませんので (検証のみなら 10.4.3 で可能になりましたが)、インストール DVD もしくは外付けのシステムがあればそこから起動して行うことになります。

ご丁寧にありがとうございます。
ディスクで起動して、アクセス権の確認やディスクの修復もやってみましたが、変化無しなのです。マックツールプロ4も購入し、使用しても変化無し。ホームフォルダまで「アプリケーションを選べ」みたいなダイアログが出てくるし、デスクトップにおいてあるiDiskフォルダや新たに普通のデータを入れてあるフォルダまでもが同じ状況になってしまいました。似たケースがトピックにありましたが、同じ事をやっても変化無し・・・。いったいどうすればよいのでしょう・・・・（泣）。

勝手にパッケージ化されるなんて常駐の引越センターみたいな症状ですね、レスがあまりついてないところをみるとそれだけめずらしい症状のようです。自分もこんな症状は初めて聞きました。
> デスクトップ上のファイルが移動できなくなり、ファインダーからアクセスすらできなくなるという事態に。
> 「ユーザ」フォルダまで「アプリケーションを選んで・・」というダイアログが。
と書かれているところをみるとフォルダに勝手に拡張子".app"がつけられているということでしょうか？　
ちなみにどれくらいの間隔でパッケージ化されるのでしょうか？　例えば再起動後とか、起ち上げている間にパッケージ化されるとか。また全部がパッケージ化されていないところをみるとパッケージ化されるものとされていないものとの違いなどがわかるでしょうか？　例えば最近アクセスしたフォルダ、または直にあるいはアプリから使用したファイルを含むフォルダがパッケージ化され、その逆は無事だとか。また空のフォルダもパッケージ化されるのでしょうか？
定期的にディスクや保存データを循環・検証する動作をするアプリ系やシステム関連の疑いもありますが、もしそうならこの症状が出始めてまだ全部のフォルダがパッケージ化されていないということはパッケージ化されるフォルダにはフォルダ自体、あるいはそこに含まれるファイルになんらかの情報の変更がなされていると思うのですが... 。でなければ完全にランダムに発生する、こりゃ駄目だ状態です。でもランダム発生なら今頃はすでに全部のフォルダがパッケージ化されているように思うのですが。ウイルス系ならまだしも、ひとつのフォルダを誤認識かなにかでどういうわけか知りませんがパッケージ化するのなら、残りのフォルダも全部誤認識でパッケージ化すると思うのですがどうでしょう？　でもなにゆえにパッケージ化なんでしょうね、アクセス権の問題ならわざわざパッケージ化しないでしょう。Tigerになってから例えばSafariがダウンロード時にうまく認識できないファイルは勝手に.txtの拡張子を付加してダウンロードしてくるでしょう、あんな感じのお節介的なものが働いているのでしょうか。
もしなにか気づいた点があればまた書き込みして下さい、でもなんの手助けにもならないと思いますが。自分がMr.johnさんの立場だったらちゃっちゃとクリアインストールして終わりますけど... でもこんなめずらしい現象はちょっと原因を知りたくもなりますね、って人事な意見すみません。まぁあまり無理はせずこちらの期待は無視して嫌になったら再インストール、とりあえず大切なデータだけは失わないように して下さい。それでは。

TTC-313 さんのおっしゃるようにシステムを新規インストールしてしまうのが早いと思いますが、問題がシステムにあるのか、ユーザの環境にあるのかを切り分けるために、新規ユーザを作ってみて、そこでも同じ現象が起こるかを確認してみてもよいかもしれません。

やはり珍しい症状ですか。自分でもびっくりしたのが、デスクトップのデータやフォルダを動かそうとすると、移動禁止マークが出て（駐車禁止マークのようなもの）、移動が終わるとデスクトップから消えてしまいます。調べるとユーザフォルダの中に移動していました。
＞フォルダに勝手に拡張子".app"がつけられているということでしょうか？　
ちなみにどれくらいの間隔でパッケージ化されるのでしょうか？
拡張子も付いているわけでも無いですし、情報を見と「パッケージ」化されたことぐらいしか解らないんです。デスクトップなどは、入れ替えたりしてから1週間ほどで再発してました。現在はまだかろうじて生きています。ユーザフォルダは入れ替えできません。データのフォルダ化は、定期的に起こるわけではなく、「あれ？」と気づくとパッケージ化されているといった感じです。
なんと友人で全く同じ状況になった人間がいたのですが、すぐにシステムを入れ替えたらしいです。彼はパンサーだそうです。初期化が賢明かもしれないですが、なんか悔しいのと、原因を突き止めたくってなりません。
お忙しいところ、色々ありがとうございます。何か解り次第書き込ませて頂きます。

そうですね。なるほど。やってみます。ありがとうございます。

お疲れ様です。あの、ちょっと気になっていることをいくつかお伺いしたいのですけれど。
1. マルチユーザ環境にはなされてませんよね？　もしされていたら管理者権限は２人以上ですか？
2. 変になったフォルダのアイコンは普通のフォルダアイコンまたは完全白紙アイコンのみ？ あるいは必ず完全白紙アイコン？
3. 変になったフォルダを開けようとした時のダイアログは常に「アプリケーションを選んで・・」のみ？
4. 変になったフォルダに対してのコンテキストメニューには常に「パッケージの内容を見る」の選択肢がありますか？　そしてその中のファイルを別の場所に移す時はそれらがコピーされるのではなく普通に移動されますか？
5. 変なフォルダの詳しい情報を見た場合の種類、名前と拡張子、所有権とアクセス権の詳細のオーナーとアクセス、グループとアクセス、その他はどうなっているのか教えて下さい。それぞれの名前は本人か他人か、またはシステムかで結構です。あと"情報を見ると「パッケージ」化されたこと... "と書かれていますが、それは種類のところにでもパッケージと表記されているのでしょうか？
6. "デスクトップのデータやフォルダを動かそうとすると、移動禁止マークが出て（駐車禁止マークのようなもの）、移動が終わるとデスクトップから消えてしまいます。調べるとユーザフォルダの中に移動していました。"と書かれていますが、これは他のフォルダーへ移動ではなく、単にデスクトップ上でそのフォルダを動かしただけで表示されるのですか？　そして移動後に (フォルダをドラッグしてドロップすると同時に) そのフォルダはHOME (マルチ環境なら自分のHOME) 直下に移動させられるのですか？
7. 最後に現在のルートユーザはOn/Off？
結構な数を質問してすみません、どうしてもこの現象に対する自分の認識に誤りがないようにいくつかに関してはっきりとさせておきたかったので。それではまた。

返事遅くなって済みません。事務所のビルのネットワークが数日間つながらなかったため、確認できませんでした。
質問にお答えします。
1. マルチユーザ環境にはなされてませんよね？　もしされていたら管理者権限は２人以上ですか？
A）自動ログインで動くようになっていますが、ユーザ名は自分の名前になってます。8台ほどMACがつながってはいますが。マルチ環境なのかもしれません。実はマルチユーザ環境の意味はよく解ってません。
2. 変になったフォルダのアイコンは普通のフォルダアイコンまたは完全白紙アイコンのみ？ あるいは必ず完全白紙アイコン？
A）データのフォルダがパッケージ化されるときは、完全白紙アイコンになります。そのほかデスクトップや、ホーム、書類フォルダは、アイコン自体に変化はありません。
3. 変になったフォルダを開けようとした時のダイアログは常に「アプリケーションを選んで・・」のみ？
A）説明が悪かったかもしれません。正確には、「書類”○○○”を開くために指定されているデフォルトのアプリケーションがありません」その下にアプリケーションを選択とキャンセルボタンがあります。
4. 変になったフォルダに対してのコンテキストメニューには常に「パッケージの内容を見る」の選択肢がありますか？　そしてその中のファイルを別の場所に移す時はそれらがコピーされるのではなく普通に移動されますか？
A）必ずあります。同じ起動ディスク上であれば、コピーではなく移動されます。
5）変なフォルダの詳しい情報を見た場合の種類、名前と拡張子、所有権とアクセス権の詳細のオーナーとアクセス、グループとアクセス、その他はどうなっているのか教えて下さい。
A）現在白紙アイコンは、中身を救出して消去してしまったので、
開けないホームの情報をお伝えします。種類：パッケージ。サイズ：13.78GB　場所：/Users　作成日：--　中略　名前と拡張子　：本人の名前　所有権とアクセス権　権限：読み/書き　オーナー：本人　アクセス：読み/書き　グループ：本人　アクセス：アクセス不可　その他：アクセス不可　この辺りなんでしょうか？
MACはパワーマックからのつきあいですが、この辺りの設定がよく分からず・・。
6. "デスクトップのデータやフォルダを動かそうとすると、中略"と書かれていますが、これは他のフォルダーへ移動ではなく、単にデスクトップ上でそのフォルダを動かしただけで表示されるのですか？　そして移動後に (フォルダをドラッグしてドロップすると同時に) そのフォルダはHOME (マルチ環境なら自分のHOME) 直下に移動させられるのですか？
A）そうです。デスクトップ上での移動の際に、フォルダをつかんで少しでも移動すると、駐車禁止マークが出ます。デスクトップでなければ、マークは消えてコピーか移動ができます。そのデータはHOME直下に移動します。でも初期ではデスクトップ上で移動させるとマークは出てきますが、強制的に元の場所に戻っていました。ある日突然移動すると、デスクトップ上から消えてしまうので、調べてみたら、HOMEの直下に移動しておりました。
7）7. 最後に現在のルートユーザはOn/Off？
A）デフォルトだと無効ですよね。確認しようとしたのですが、NetInfoマネージャーでみても、有効にするというメニューが半透明で選択できません。（ということは有効になっていると言うことなのでしょうか？）
言葉足らずや、私の知識の無さで、誤解をご迷惑をおかけしていることが多々あるかもしれません。ごめんなさい。
ざっとこんな感じです・・・・。

すみません、ちょい風邪を引いててこちらも返事が遅くなりました。
"パッケージ化"という表現に双方の言葉のズレがあるのではないかと思い、前回はいろいろと質問させて頂きました。
まずその中でMr.johnさんが疑問に思われたことを先に返答します。
> 自動ログインで動くようになっていますが、ユーザ名は自分の名前になってます。8台ほどMACがつながってはいますが。マルチ環境なのかもしれません。実はマルチユーザ環境の意味はよく解ってません。
マルチユーザ環境とは簡単に言うと、１台のMac上で複数のユーザがあたかも各々のMacを持っているかのようにする機能です。マルチユーザ環境では"ユーザフォルダ"の下に各々の"ホームフォルダ"が作られますが、システム関連やアプリケーション(基本的には)などはそれらのユーザによって共有されます。設定にもよりますが、普通は各ユーザの"ホームフォルダ"以下はアクセス禁止となります。"デスクトップフォルダ"などは"ホームフォルダ"の下にあるため、ユーザ毎に各々のデスクトップを持つことができ、またアプリケーションの設定やメールなども"ホームフォルダ"の下の"ライブラリフォルダ"、または"書類フォルダ"の中などに保存されるためにそれぞれのプライバシーや使い勝手などは維持されます。各ユーザ毎に権限を指定するができるために、管理者クラスのユーザが複数存在する場合も発生します。普通はログインパネルを使って各ホームを選択後にログインするのですが、マルチユーザ環境でも設定によっては自動ログインにすることも可能となります。言い換えるとこれらマルチユーザ環境は管理人がいるマンションとでも言えますか。
> デフォルトだと無効ですよね。確認しようとしたのですが、NetInfoマネージャーでみても、有効にするというメニューが半透明で選択できません。（ということは有効になっていると言うことなのでしょうか？）
その状態ではルートユーザはOffになっているみたいですね。
とりあえず？な箇所だけ先に返答しました、さてここからが本題です。
はっきり言ってなぜMr.johnさんのような状態に陥ったか？、その原因はまったくもってオイラにはわかりません。
ただもしかしたら復旧できるかも... と思いつく可能性だけをこれから述べます。
これから述べる手法と同様のことができるサードパーティの製品もあると思われますが、とりあえずここでは無料で済ませられる方法を述べていきます。
まず、"ホームフォルダのパッケージ化"について。
1. Mr.johnさんはDeveloper Toolsをインストールされているでしょうか？　もしされていなければインストールDVDからそれらをインストールしてください。
手順は...
Mac OS X Install DVD > Xcode Tools > XcodeTools.mpkg をダブルクリック、あとは指示に従ってインストール (容量は結構大きいのですが、あとでDeveloper Toolsを削除すればいいので簡易インストールで結構かと思いまする)。インストールすると、ハードディスクボリュームの直下に"Developer"というフォルダが作成されます。
2. "Terminal"を起動し、次に記述する" "の中のコマンドを入力してリターンキーを押す。
"/Developer/Tools/GetFileInfo /Users/(Mr.jhonさんのユーザ名)"
ただし"GetFileInfo"と"/"の間にはスペース、"Users/"の後のユーザ名では"(", ")"はいらない。また以下同様。
すると次のような４つの情報が返されます。
directory: "/Users/(ユーザ名)"
attributes: avbstclinmedz (設定などによって大文字・小文字がかわる）
created: 05/06/2005 16:57:34 (作成日によってかわる)
modified: 12/16/2005 00:12:11 (修正日によってかわる)
ここで注目して欲しいのは"attributes:"の"avbstclinmedz"の大文字・小文字の状態です。
簡単に言うとそれぞれの文字はファイルの属性を示しており、それらの文字が大文字だとOn、小文字だとOffの状態になっています。
ホームフォルダの"種類"が"パッケージ"と表示されていることから、Finderはホームフォルダをバンドルとして認識しているように思われます。もしそうであればMr.johnさんのホームフォルダの"attributes:"は少なくとも、"avBstclinmedz"と"b"が"B"になっていると思われるのですが如何でしょうか？
もしそうなっていれば次のコマンドを入力して下さい。(そうなっていなければこの話はここで終わりでする)
"/Developer/Tools/SetFile -a b /Users/(ユーザ名)"
そしてもう一度 "/Developer/Tools/GetFileInfo /Users/(ユーザ名)" コマンドにて"B"が"b"に変更されたことを確認して下さい。つづく... 。

つづき... 。
いったんログオフ(アップルメニューから"(ユーザ名)のログアウト"を選択)し、パスワードを入力して再度ログオンして"ホームフォルダ"の状態を確認して下さい。これでホームフォルダのパッケージ化は解消されていると思うのですが... 。
3. もし上記の手法で改善されていれば、同様に"デスクトップフォルダ"や"書類フォルダ"などにもStep2を実行してみて下さい。
(ex. " ..../Users/(ユーザ名)/Desktop"、" ..../Users/(ユーザ名)/Documents"など)
続いて"デスクトップの移動禁止マークとユーザフォルダへの強制移動"の件について。
上記の"ホームフォルダのパッケージ化"の解決策のStep3にて"デスクトップフォルダ"のパッケージ化が解消されれば、恐らく自動的にこちらの問題も解決されます。
とりあえず、この方法にてこれらの問題は解決されると思います。一応こちらにて"TESTユーザ"を作成し、"ホームフォルダ"と"デスクトップ"、および普通のフォルダをバンドル扱いにしてみたところ、Mr.johnさんの言われている状態(上記２点 + 一部アイコンの白紙化)を確認しました。そしてそれぞれのバンドルの状態をOffにしてやると、こちらではこれらの問題は解決しました。白紙化したものはアイコンが戻らないかもしれませんがそれらはフォルダを作り直すか、それぞれの"詳しい情報"ウインドウにて正常なフォルダアイコンを貼り付けるかして対応してください。(方法は"詳しい情報"ウインドウの左上のアイコンマークをクリックしてコピー、白紙の方の"詳しい情報"ウインドウのアイコンをクリックしてペースト)
また、"詳しい情報"ウインドウにて、ホームフォルダ以下の各フォルダーのアクセス権がシステムに支配されていないかを確認しておいた方がいいと思います。結局原因については分からなかった為、また再発するようでしたらクリアインストールした方がいいと思います。Finderはフォルダなどを表示させる過程において各々の属性などの情報を参照します、今回の件はそこがどういうわけか書き換えられている模様です。以上、そんなところでする。
最後にDeveloper Toolsを削除したい場合は、Terminal上で次に記述する" "の中のコマンドを入力してリターンキーを押す。
"sudo /Developer/Tools/uninstall-devtools.pl"
すると"Password:"と聞いてくるので、パスワードを入力してリターンキーを押す。(ただし画面上には、パスワードを入力してもなにも表示はされませんので注意！)　するとアンインストール作業が始まり、"Finished uninstalling"と表示されたら終了です。もしハードディスクボリュームの直下に"Developer"というフォルダが残っていれば、手動で削除して下さい。そのまま使ってもなんら問題ないと思いますが、とりあえず念のために再起動しときましょう。
ここまで述べてこれで解決しなければごめんなさいです、オイラにはもう他の手は思いつきませんのであしからず。
それでは... 。(ここって文字数制限あるんですかいな？ ...ぶつぶつ。)

> 時間がたつとまた「パッケージ化」されてしまいます。
dataをbackupしてTigerをErase & Installしたほうが早いです。悩んでいても解決しません。また、OSXの環境にこれだけの問題を抱えているとデータも失うことになりかねないと思います。:-)
どうのようにしたらその症状になったか後学のためにお聞きしたいのですが、多分、ご本人もお分かりにならないでしょうね。:-)

早速やってみようと思っているのですが、ターミナルなどをいじるのが初めての為非常に怖い・・。しかしご厚意に応えるためにチャレンジしてみます！ただ、いまちょっとマシンに不具合があると非常にまずい状況なので（仕事で）、暮れに作業をしてみます。しばらく時間が空いてしまいますが、必ずやりますので今しばらくお待ちください。せっかくいろいろと教えて頂いているのに、勝手いって済みません。

TTC-313 さんのアドバイスでとりあえず直る可能性は高いのではないかと思いますが、ぴっぴさんご指摘のように
> 時間がたつとまた「パッケージ化」されてしまいます。
を考えると、再発するかもしれません。アドバイス実行後も再度起こるようなら、システムをクリーンインストール (消去してインストール) するのがよさそうですね。