「表示オプション」は「すべてのフォルダに」適用されますか？

　
検証してみました。
Finderで表示オプションを表示して"すべてのウインドウ" を選択すると
アプリケーションの一部のみ適用されないフォルダがありました。
System、LibraryやUsers等々では適用されているみたいです。
隅から隅まで確認していないので適用されていない所もあるかも
知れませんが、Mac OS X 10.3.9 より改善されているようです。

検証ありがとうございます。お手数をおかけしました。
なるほど、残念ながらまだ完全ではないようですね…。
普段はカラム表示にしているので実害はないのですが、
ちょっと気分転換に見た目を変えたいと思っても、
このバグがストレスでやはりカラム表示に戻してしまうので、
早く直して欲しいと思っています。
何度かフィードバックも送信しているのですけれど…。
Windowsの同様の機能はこともなげに動作するのに、
なんだか寂しいです。

表示オプションはファインダの表示オプションであり個々のアプリケーションとは関係がないような気がします。
「すべてのウインドウ」は” 内包しているフォルダすべてに適応 ”ではなく、ファインダの表示オプション属性の「すべてのフォルダ」というプリセットみたいなものをそのフォルダに適応するという仕様になっていると思います。
「このウインドウのみ」は「すべてのウインドウ」というグローバルな属性でなく個別に属性を設定するということです。
簡単に言うとそれぞれのフォルダがファインダで表示されるときにグローバルな属性の「すべてのウインドウ」プリセットで表示するか、個別に設定するか、ということのような気がします。
iTunesのライブラリの表示オプションがグローバルなものであるのに対して、プレイリストの表示オプションが個別のものであるというのに近い感じがします。
個人的には” 内包しているフォルダすべてに適応 ”のような仕様の方が使いやすい気がします。
質問の内容と食い違っているようでしたらすみません。

全てのウィンドウを閉じ、ディスク内の.DS_Storeを全部削除した後、再起動してから一切のフォルダを開かずデスクトップから設定するとどうなりますか？
多分、「このウィンドウのみ」で設定したフォルダがいくつかあるんだと思うんですが、先にその設定が済まされていると、そっちが優先されたような気がします。
なので、私の場合は先に使いやすい設定を「全てのウィンドウに適用」して、そのあと各フォルダを「このウィンドウのみ」でカスタマイズしています。

　
>全てのウィンドウを閉じ、ディスク内の.DS_Storeを全部削除した後、再起動してから一切のフォルダを開かずデスクトップから設定するとどうなりますか？
現状のMac OS X 10.4 ではバグの為不可視ファイルが検索出来ないし、
OnyXも使用出来ませんので、.DS_Storeを全部削除するには
Terminal.appを使用するしかないでしょうね。
Mac OS X 10.3.x の時に、スーザンさんが言われた通りのことや
色々な方法も試しましたが、全ての.DS_Storeを削除しても
全てのフォルダで設定が反映するということはありませんでした。
場合によっては.DS_Storeのアクセス権がシステムに変更されたり
して修正するが大変でした。
Mac OS X 10.4 でどうなるかは試していないので分かりません。

http://www5.wind.ne.jp/miko/mac_soft/contextual_menu_x/pgs/AmDeleteDS_StoreCMX.html
ここにDS_Storeを削除出来るコンテキストメニューがあります。Tigerでの動作も確認されているようです。