2台のMacで

御存知だと思いますが、
IMAPではISPのメールサーバから受信メールを削除するまで
メールが残っているので、複数のパソコンでメールを管理出来ます。
この受信メールを削除する操作が、Mail.appではメールを"このMac内"のメールボックスへ移動させると同じ操作をしたことになります。
ISPのメールサーバから受信メールを削除しない様にするには、
メールボックスメニュー＞新規メールボックス で「mac」に新規メールボックスを作成し、ルールで
「mac」内のメールボックスへ移動させる様にしたら如何ですか。

>.MacはIMAPなので、...これって仕様なのでしょうか
そうです。
最近職場のシステムがPOPからIMAPになって最初と惑いました。
POPはMailのアカウント設定(詳細)でサーバから取り除くかどうか指定できますので、取り除かない設定にするか取り除くまでの期間を十分長くとれば両方で読めます。

ポン太さん、Hit-Cさんアドバイス有り難うございます。今まで、.Mac(IMAP)をPOPのアドレスに転送して処理していましたが、10.4となったことから、Mailを使ってみようとおもい、悩んでいましたが、移動でサーバー上から消去されることが分かり助かりました。移動しない方法、またはスマートホルダーで管理していくかを考えてみます。有り難うございました。

> 移動でサーバー上から消去されることが分かり助かりました。
「この Mac 内」に移動したときはそうです。なぜならサーバからあなたの Mac にメールを移動させたのですから、サーバ上から消えて当然です。ポン太さんが触れられていますが、サーバ内上にメールボックスを作って、そちらに移動させる分にはサーバ上にとどまっています。複数台の Mac で管理する場合は、そのほうがいいでしょう。
IMAP なら、ある Mac でサーバ上のフォルダに振り分けたメールは、他の Mac から見てもすでに振り分けられています。この方が便利ではないでしょうか。
「この Mac 内」に移動させるときにサーバ上に残したままにしておきたいなら、移動するときに option キーを押していれば、メールボックスにドロップするときに＋マークが出て、コピーされます。元のメールは削除されません。
ルールで「この Mac 内」に振り分けるときも、「メッセージを移動」ではなく「メッセージをコピー」を使うといいでしょう。