データの断片化を解消するためのツールを探しています

IDefragはどうですか?
デフラグが起こりにくいOSX環境に工夫されないと行っても意味がないですよ。またOSXが壊れても問題ないような工夫も必要かも...
# デモ版あり

新たなtopicを立てる前には検索をして過去にその話題が出ていないかどうか検索してみましょう。アプリケーションなど機種によらない話題は機種ごとのboardsにも隠れているかもしれません。たとえばココ
"HDDを最適化する方法", 2007/05/26 3:38pm
ちなみに、この話題過去に何度もでています。

Tech Tool Pro、ドライブジーニアス等の統合ユーティリティーやiDefragのような専用ユーティリティーなど、検索されれば色々と見つかると思います。
＞OSや他のアプリケーションにも干渉しない
これはデフラグを行なうことによって問題が発生するということかなと想像してます。
いずれのユーティリティーでもデフラグを行なうことでのリスクは同じではないかと思います。

> ＞OSや他のアプリケーションにも干渉しない
> これはデフラグを行なうことによって問題が発生するということかなと想像してます。
やっぱり、そっちの意味ですかねぇ(^^;　私もそうかなぁと思って突っ込もうと一瞬思ったのですが、もしかしたら「外付けのHDD内の別バージョンのOS Xのパーテーションとか、Installしてあるアプリケーションによって正常に動作しない可能性はあるか」という意味かもと思って書きませんでした。ちなみに後者ならどっちみちお使いのシステムにデフラグする場合CD起動でやるので、OSのバージョンにはよりません。ただしiDefragの(CD起動の）バージョンがお使いのMacで起動出来るかどうかは確認した方が良いかとは思います。アプリケーション云々はデフラグとは関係ありません。
リスクという意味ならHide@ph2さんが書かれた通りです。必ずバックアップを取った上でやられて下さい。
ちなみにTech Tool Pro4のデフラグはお勧めしません。これやるぐらいなら単に外付けHDDに復元し、内部HDDはフォーマットし、また復元で戻す、で充分かと。ドライブジーニアスに関しては使った事がないのでわかりません。

おはようございます。
ドライブジーニアスを使っています。
デフラグに関しては特にかわった所はありません。
CD-ROM からの起動が遅いですね。

> もしかしたら「外付けのHDD内の別バージョンのOS X
私もこのことかなとも思ったのですが、起動ディスクのデフラグは出来ないのでリスクのことかなと(^^)
私的にはドライブジーニアスを所有していますが、デフラグは一度試したのみで以降実行していません。
リスクのこともありますし、事前にバックアップ等々かえって手間になるのでusadii3さんと同じく、外付けHDDに複製→復元しています。
工夫というほどでもないですが、HDDをOS・データと2パーティションに分割。
複製前に空き領域と各キャッシュを消去、fsck とapplejackでチェックを行なった後に複製、データ領域を消去して復元。OSパーティションはバックアップするだけです。
ここまで書いて気がつきました…こっちのほうが手間になるかも(^^;)

>CD-ROM からの起動が遅いですね
確かに(^^)
で、DVDで起動ディスクを作ると若干速くなりますよ。

> 外付けHDDに複製→復元しています。
"復元先を消去する"で復元すると、デフラグの解消、free sapaceの消去を行なってからでないと、中はグチャグチャで、復元し直しても同じです。また、"復元先を消去しない"で復元するとABC順(folder/fileを)に詰めてcopyされますので最適化される分けではありません。
OSX.dmgを作る時、iDefragをかけ、free spaceを消去してOSX.dmgを作りますので、復元先を消去するでVolumeに復元すれば綺麗になります。Updateを行なったらiDefragをかけれるだけ...　あとはデフラグは気にしないで再起動を行なえばswaplife, tmp(一部の)などは消去されます。
OSX.dmgを復元すれば直ぐにlinkしているdataで動くようになっています。(OSXを丸ごと取り替えられます)　mainは3rd partyが入ったOSXで, OSX.dmgを作っています。subはcleanなOSX.dmgを作ったり、実験したり、起動して動かす事も出来ますし、dataはmain, subどちらからでも更新出来ます。backupにも便利です。
大きなdataの編集、消去をする時は作業場所と保存場所をsymbolic linkで切り替えて使用します。リンク元、リンク先は不可視でアクセス出来なくしてあります。

自作のshell scriptのremove_cachesはvarの中やCaches, Logsを綺麗にします。StartingSetupAssistantを使えばTigerをinstallした直後になり、その後、起動すればSetup Assistantで最初から設定出来ます。FileVaultが壊れた時は便利...　dataのbackupが終わったらsparseimageが壊れていても関係ありません。3rd partyのApplicaionなどが入っていても初期状態に出来ます。なのでOSX.dmgは直ぐに動くようにcacheなどは弄っていません。siteのID, password(時間制限で入れ直しもあり)も入っていますので直ぐに使えます。必要になったらshell scriptで消去すれば良いのですから...

質問に対して質問してしまうようで申しわけないのですが、
OSXにデフラグは必要なのでしょうか？
「OSXにはデフラグは必要ない」といった記事をよく見かけます。
それらの記事はおおむね２つの理由を挙げていて
・HFS+にはフラグメンテーションが起こらないような措置がとられている。
・デフラグ中にデータが破損する恐れがある。
人為的にフラグメンテーション化させて速度を比べたなどといった記事もあったりします。
実際のところどっちが本当なんでしょうか？

普通の使い方ならデフラグは不要です。
>・HFS+にはフラグメンテーションが起こらないような措置がとられている。
もっと根本的には、ディスクIOは仮想的なファイルシステムを介して行われているためです。このため、ディスク上でフラグメンテーションが起こっていても、パーフォマンスに及ぼす影響は最小限になるように設計されています。これは、MacOSX だけがそうだ、ということではなくて、Linux や FreeBSD など、unix の流れを汲むオープンソースのOSでは普通にそうなっています。unix ではディスクを酷使しますので、フラグメンテーションが少し起こったぐらいでパーフォマンスが落ちてしまうようなディスクファイルシステムでは使いものにならないのです。これらのOSは、最近ではミッションクリティカルな用途のサーバにも多用されてますが、デフラグして使う、などとは聞いたことありません。なので、必然的にその流れのMacOSX もそうだということになります。
デフラグをしてやらないとパーフォマンスが目に見えて落ちてしまう某OSのディスクファイルシステムがひどすぎるのです。

> HFS+にはフラグメンテーションが起こらないような措置がとられている。
2つあって10MB，20MB以下で条件を満たせばOSXが自動的に最適化を行います。
# 20MB以下 OSXのfile位でしょう。他のfileは数GB単位のfileは幾らでもある。
ただし、連続した大きなdata(映像など)はHDDに書き込み出来る空きがあれば、それ程問題は起こりませんが、編集や消去はデータを保護をしますので一定時間は消去した場所には上書き出来ません。なのでHDDの空きが少なくなったり、編集や消去を繰り返せばデフラグが起こり、酷くなると読み書きの処理が極端に遅くなります。
> デフラグ中にデータが破損する恐れがある。
HDDのfilesystemsのカタログなどに書き込み中に電源が落ちたらHDDが読めなくなります。データを書き込み中ならデータは壊れてしまいます。
デフラグの解消はデータを移動しながら整理しているのでデフラグ中に問題が起こったらデータが壊れたり読めなくなります。
HDDのfilesystemsやOSXのfilesが壊れたりアクセス権に問題があると問題は起こってしまいます。Updateでも同じでOSXのfileが何らかの問題を抱えていたり、OSXに機能を追加する3rd partyのplug-ins, utility, anti-virus, IMなどを外さないでUpdateすると様々なトラブルが起こります。
OSXはHomeとComboに含まれるfileは新しく出来ますが、それ以外のfileが壊れたら、backupを取って、初期化後にTigerをclean installするしかありません。またOSXに問題を抱えているかどうかは誰にも分かりません。問題が起こって初めて知り焦ったりパニックになるのです。
dataのbackupは大切です。OSX環境が壊れても直ぐに復旧出来る環境でないと、復旧には数日から数週間かかるかも知れませんし元の状態には復帰が不可能になるかも知れません。dataのbackupは複数を取り分散して保存、ID, passeord, serial no, 設定などはtext保存することも必要です。

　欲を言えば、論理ボリュームマネージャが Mac OS X でも使用可能となると良いと思います。マウスでほいほい管理出来る様にならないものでしょうか。そうなればデータの断片化を心配することも無くなるでしょう。
http://ja.wikipedia.org/wiki/LVM

> 起動ディスクのデフラグは出来ないのでリスクのことかなと(^^)
Mac OS 9以前は、Alsoft（今、DiskWarriorを開発しているソフトハウス）のDisk Express Proが起動ボリュームをバックグラウンドでデフラグしてくれましたが、Mac OS 9以降、起動ボリュームをデフラグっていうのは無いですね。

＞普通の使い方ならデフラグは不要です。
と、初めてのMac (G5)を買った日にサービス＆サポートの方からアドバイスを頂きました。（その他にも、定期的にキャッシュを削除すること、ソフトウェアのインストール／アップデート前後にはアクセス権の修復を行い、3〜4週間に一度くらいはインストールDVDからアクセス権の修復を行なうことなど。）以来、2年間というもの最適化はOSまかせ。起動に時間がかかる、動作が不自然に遅くなる等のトラブルは幸いまだ経験していません。10.4.10へのアップデート後でも。
はにさんはSolarisもお使いではなかったでしょうか？（記憶違いだったらごめんなさい。）
LeopardのデフォルトのファイルシステムはTigerと同じHFS+ですが、ディスクユーティリティにオプションとしてZFS（ただしread-only）が追加されるという記事を読みました。：
http://news.worldofapple.com/archives/2007/06/13/zfs-still-present-in-leopard/
ZFS関連のページでは、ボリュームマネージャが必要なくなる他、ZFSの様々なメリットが挙げられています。去年まで内容を全く知らなかったファイルシステムなので特徴を読むにつれて期待が高まります。将来はOS XのデフォルトがまるごとZFS(write-able)という方向に行くのかな？？
Solaris 10以上のユーザの中には「(ZFSでフォーマットできるのなら)Mac miniを買う♪」と楽しみにしている人もいました。読み取りだけで、書き込み可能なスナップショットのクローンも作れないのだったら考え直すかも。