データの断片化を解消するためのツールを探しています

＞3〜4週間に一度くらいはインストールDVDからアクセス権の修復を行なう
　（誤）アクセス権の修復　→　（正）ディスクの検証／修復
私はインストールDVDでディスクの検証／修復をするついでにアクセス権の修復も行なっていましたが、これは無意味だと教えていただきました。ハードディスクの検証／修復はOSのヴァージョンアップにかかわりなくインストールディスクから行なっていいけれど、アクセス権の修復はアップデートしたHDDからのみ行なうべきなんですね。
まちがいをお詫びして訂正させていただきます。

> 2年間というもの最適化はOSまかせ。起動に時間がかかる、動作が不自然に遅くなる等のトラブルは幸いまだ経験していません。10.4.10へのアップデート後でも。
HDDに空きが沢山あって書き込めればデフラグは起こりにくいでしょう。問題が起こるのは映像だとかの大きな連続したdataを扱い消去、編集などを繰り返したり、HDDに空きが少なくなった時に起こります。
ですのでアクセス権とは関係ありません。また、HDDのfilesystemsやOSXのfileが壊れたらアクセス権の修復では直せません。
アクセス権の修復はHomeの中は対象外で狂ったら手作業で直すかゴミ箱に捨てるしかありません。

＞HDDに空きが沢山あって書き込めればデフラグは起こりにくい
G5にHDDが二つ入っているのが幸いしているのかも。データ保存用には外付けもありますし、システムが入っている方はなるべく空きを多くとるようにしています。
アクセス権の修復のことは、サービス＆サポートの方が一般的なメインテナンスの一つとして（デフラグとは関係なく）教えて下さったのだと思いますが、私の方がUNIXの厳格なファイルシステムについて何も知らず、どうしてソフトウェアアップデートやアプリケーションインストールのたびにこれをするのか、ふしぎに思ったものです。
将来もしOS XでZFSがデフォルトになったら、デフラグツールは一切いらなくなりますか？

> "復元先を消去しない"で復元するとABC順(folder/fileを)に詰めてcopyされますので最適化される分けではありません。
なるほど。よく考えればそうですよね。
私はこれで奇麗な状態になっていると勘違いしていたようです。
＃ぴっぴさんの詳しい解説は大変勉強になります。ありがとうございます。

ですので、iDefragを行ないerase free spaceをしてからOSX.dmgを作り、復元先を消去して復元すると...　filesystemsは消去されて綺麗になりデフラグは最適化されアクセス権も済んだCleanなTigerですので小さくて最強の修復Toolになります。
iDefragで確認されると納得される筈...　再起動の度にswapfileが動きdataを保護している様子も確認出来ます。
お使いになっているOSXを丸ごと定期的に外付HDDに復元すると、手間ばっかりかかって場合によっては最悪で問題を抱えているかも知れない大飯食いの役立たず...　これを復元してUpdateしたら問題が起こってしまうかも知れないのです。

>デフラグの解消
どうにも気になるので指摘させてください。
「デフラグ」とは、「フラグメンテーションの解消」を意味する言葉です。
ですので、「デフラグの解消」は意味を持ちません。ぴっぴさんはデフラグをフラグメンテーションの同義語として使っているようですが、それも間違いです。
技術に詳しいぴっぴさんにしては珍しい間違いなので、気になりました。

どうも書くのは苦手で...　失礼しました。
書いている時は気づかないで後から見直すと変な文章に　 :-)

http://jp.sun.com/communities/users/0612/feature01.html
　世紀末救世主伝説みたいな内容ですが、ZFS（Zettabyte File System）を知る為には非常に参考になる文章だと思います。