ものすごく遅いシステム終了

何はなくとも、ディスク修復をしてください。ついでに、アクセス権の修復をして下さい。
メインメモリに展開していたディスク管理情報を書き込むために遅くなっているのかも知れません。
５分はちと長いと思いますが。

> システムの終了が５分以上と異常に遅くなってしまいました。
何かのAppsが終了しないのでは? 処理に時間がかかっているのかも知れません。Activity Monitorで監視されたらどうでしょう。

早速ありがとうございます。アクセス権の修復をしたら山ほど修復されてしまいました！でも、終了時間はデスクトップが奇麗さっぱりしてから４分程度で起動時のタイムショック風の時計が回りはじめます・・少し改善しましたがやっぱりまだ遅いと思いますがこんな感じなのでしょうか？

システム終了が遅延してしまう要因をお伝えします。最も多く見られるのは３番目です。番号はトラブルシューティングの順番を意味しません。
１．HFS Plus File System または Mac OS X File System 上に、ディレクトリ構造やアクセス権に整合性の問題がある場合。＜-- すでにabcdefg さんがご指摘されています。
上記に追加して、シングルユーザモードで起動して、"fsck -fy"（＝File System Consistency checK）を実行する事により、Mac OS X 上のFileSystems の整合性を診断修復します。
２． Mac OS X File System のコアシステムの一部（例：loginwindow と親プロセスの launchd ）領域が正常機能せず、「アーカイブとインストール」または「消去とインストール」をする必要性が生じている場合。
３．サードパーティ製ソフトウェアの互換性消失、損傷、または非互換性による影響がある場合。
フォアグランドのアプリケーションが悪戯していることによる原因の場合は、メカニズム上、マシン終了ができなくなります。システムのセーフガード機構により、問題を生じているアプリケーションが４５秒以上経過しても所定の終了手続きを内部的に取らない時に、システムは自動的に待ち状態になり、「終了」完了の作業は行われません。この場合は、当該のアプリケーションに対して、Activity Monitor（事前に立ち上げておく）で、問題のアプリケーションを強制終了するしかありません。Terminal からUNIXコマンドでも可能と思います。Mac OS X 10.4..x 上から当該アプリケーションを削除して、開発元に報告します。
バックグランドで動作中のソフトウェアは異なります。システムがエラーを報告していても、互換性に問題があったとしても、直接担当のシステムプロセスである loginwindow は、予定された終了手続きを完了します。但し、Carbon, Cocoa, やJava を実装した／で使用されるソフトウェアでバックグランドで活動しているものに原因がある場合は、通常マシンは終了できません。これらソフトウェアには機能拡張的なファイルも含みます。
４．Mac OS X 10.4.x に特定マシン環境に及ぼすバグが存在する場合。
１〜３番目のトラブルシューティングをきちんと行って検証し、それでも原因がみつからない時に、この作業を行います。一定の手順と手続きがありますので、問題が解決できないときの最終段階でお知らせします。
５（追記分）．ネットワーク装置の設定ファイル損傷が原因でその障害が起きる事も稀にあります。
以上を参考にして、切り分けと経過報告をしてください。３番目は時間がかかるケースがあります。「アーカイブとインストール」または「消去とインストール」を先行すると、原因がそうでない場合は時間を無駄にすることがあります。
system.log の終了直前のログイベントに痕跡がありますか？

早速ご返事ありがとうございます。Activity Monitorで監視しましたところこれと言って何かが起動中という様子はありませんでした。昔OS9のときネットフォルダーに昔アクセスしたサーバーのショートカットが作製されると起動が遅くなるというような現象があったように記憶しているのですが、Spotlightが同じように過去に接続したサーバーを探しに行っているというようなことはございませんでしょうか？とにかくHDもシーンとして４，５分つるつるのデスクトップとにらめっこです・・

ありがとうございます！ただ、私が無知なために具体的にどのように対処すればいいかお教えねがえますか？１はやってみました。２の場合どのように確認すればよろしいでしょうか？３ですが、Activity Monitorを起動したまま終了すると、Activity Monitorも一瞬で終了してつるつるのディスクトップになってしまいます・・ただ、一つわかったことはサードパティのものがまずいのかと一つずつ外して降りましたところEtherを外したときだけ、わずかに終了が速いことがわかりました。システムが異常だとすると再インストールしかないのでしょうか？？

・起動直後に終了操作を行っても終了に時間がかかりますか？
・新規ユーザを作成してそちらでログインした場合は？
・セーフブートで立ち上げた場合は？
一応、PRAMクリアとPMUリセットは実行しておいてください。
それでも改善しない場合は、OnyX ( http://www.titanium.free.fr/pgs/japanese.html ) 等のユーティリティを利用してキャッシュを掃除してみるのも有効かもしれません。
それでも改善しない場合はシステムを入れなおした方が速いかもしれません・・・

はじめまして皆様
同様の問題を抱えてこまってる者です。
今までになく動作が非常に遅くなっていて　アクティブモニターをじっと見てると
なにやら　読み込みに行っては　書き出してる動作を永遠とやってるように見えます。書き込まれたデータの約二倍の量ほど　読み込まれていて、終わりがない状態です。これは　何かのウィルス的なものなのでしょうか？　皆様のお知恵を借りたくて、投稿しました。
何かお気づきございましたら　よろしくお願いします。

一部のPowerBook G4、PowerMac G5ユーザのマシン環境において、Mac OS X 10.4.3にアップデートしてから、システム終了時やリスタート時に数十秒〜分単位での遅延が起きるという報告をUSサイトで見たことがあります。また、当方のPowerMac G5／2.7GHzでも遅延があります。当初は別件のBag Reportを本社の当該データベースに登録した後に、付帯インシデントとして追記しましたが、市販製セキュリティソフトがバックグランドで活動している時に発症する事がわかり、付帯インシデントのみ取り消した経緯があります。再度の精査で、再現性が８割の確率でしか発生しない事がわかりましたので、小生は次のMac OS X Tiger アップデートに期待している次第です。
以下は説明が一部、他の方と重複します。
●２の場合どのように確認すればよろしいでしょうか？
システム設定で新規ユーザを作成し、再起動してみる。
問題が再現しない場合は、通常ホームディレクトリ以下の特定ファイルに原因がある。再現する場合は、システムが異常であるか、別の領域に原因がある。「アーカイブとインストール」または「消去とインストール」を検討する前に、 Standaloneのアップデータで再インストールを試みる--これはシステムファイルの一部損傷による原因の場合に功を奏するときがある。
●User 設定ファイルとcacheファイルを仮フォルダ内に退避させて検証されたい事例として、以下のフォルダ及びサブフォルダ内で、タイムスタンプが障害の起きているマシン終了時間またはその直前直後に該当するファイルを選択する方法がある。この方法の根拠は、システムのキャッシュファイルを消去する サードパーティ製のユーティリティが複数あるが、特定の市販製アプリケーションの分まで処理するか不明なため。もし、これらのファイルが原因でない場合は、元の場所に戻せる。
/Library/Caches/
/Library/Preferences/com.apple.loginwindow.plist
/Library/Preferences/SystemConfiguration/NetworkInterfaces.plist
/Library/Preferences/サードパーティ製名称の付いたplistファイル
/Library/StartupItems/サードパーティ製名称の付いたサブフォルダ内のplistファイル
/Users/HOME/Library/Application Support/
/Users/HOME/Library/Caches/
/Users/HOME/Library/Preferences/
/Users/HOME/Library/サードパーティのアプリケーション用フォルダ内
●原因が市販性ソフトウェアの"xxxx.kext"にあるかどうかを見極める方法例：
１．Safe Mode 起動で、Mac OS X 側のFile Systemの整合性を自動診断させる。この状態で運用できる常用アプリケーションを動かした後に、システム終了して再現性を確認。Safe Mode検証では、市販製のframeworkやplug-in関連は確認できないので、別途当該ファイルやフォルダを退避して様子を見る。また、同検証では、Single Userモード起動と異なり、マウスなどのドライバは呼び込まれるため、市販製マウスを使用している場合は配慮する。
２．システム終了時の直前に活動しているアプリケーション（backgroundを含む）をActivity Monitorで事前確認し、アカウントのログイン項目を外してみる。また、省エネのアイドル（又はsleep）モード下でシステム終了遅延が発症する場合は、Energy SaverとScreen Saver（市販性を含む）をオフにして検証する。
尚、システム終了時の市販製ソフトウェアのメモリーdeallocation 問題による原因の場合は、「消去とインストール」を行った後に、一つずつインストールしては、再起動して特定していく方法が一般的。
●Power Management 設定情報は、機能不全になる事もあるので、 リセットしてみる。但し、この方法はハードウェア・リセットになるため、トラブルシューティングの最後に行うことを推奨（Desktop 機ほどではないにしても）。 PRAMリセットは保存情報に当該障害を示唆するものが無いので必要ないと考える。
●４のレポートを提出するには、System Profilerのコピーを添付しますが、その前に、HDDを一旦ゼロ化で消去した上で、Software Update経由でMac OS X 10.4.3へアップデートしてテスト運用した結果を添えます。日本サイトでもUSサイト（こちらの方が対応が早い／要英語）でもかまいません。