Mail　削除したメッセージを消去するタイミング

Mail.appの初期設定ファイルがおかしくなっていると思われます。
まず、Mail.appを終了させた状態で、下記をバックアップされてください。
/Users/ユーザ名/Library/Preferences/com.apple.mail.plist
/Users/ユーザ名/Library/Mail

下記の様にしたらどうでしょう。
1）問題のアカウントの受信、送信済みメールボックス等にあるメールを
メールボックスメニュー＞新規メールボックス でこのMac内に作成したメールボックスに移動
2）Mail.appを再起動させてメールが行方不明になっていないか確認
3）Mailメニュー＞環境設定＞アカウント で問題のアカウントを削除
4）Mail.appを再起動
5）問題のアカウントを再設定

上記で解決しない場合下の様にしたらどうでしょう。
1）Mail.appを終了
2）初期設定ファイルをデスクトップへ移動
　/Users/ユーザ名/Library/Preferences/com.apple.mail.plist
3）問題のメールアカウントのみを再設定
4）問題がなければ他のメールアカウント等も再設定

それでも解決しない場合は、Mail.appを終了させた状態で、
バックアップした二つを元に戻してください。

いつもご指導ありがとうございます。
Mail.appを終了させ、下記をデスクトップに移動し、
/Users/ユーザ名/Library/Preferences/com.apple.mail.plist
Mailを起動したら初期画面になってしまって、再度終了、
/Users/ユーザ名/Library/Preferences/com.apple.mail.plist
上記を上書きで戻して、起動したところ直ったようです。
このまま様子を見てみます。
ただ送信済みの上に送信というフォルダができてしまって、Mailを起動し直しても
消えなくなってしまいました。

> Mail.appを終了させ、下記をデスクトップに移動し、
> /Users/ユーザ名/Library/Preferences/com.apple.mail.plist
> Mailを起動したら初期画面になってしまって、
初期設定ファイルをデスクトップに移動させると言うことは、全ての設定を破棄して初期設定の状態にするために行う方法です。初期設定ファイルをデスクトップへ移動させたら、Mail.appが初期設定画面になるのは正常な状態です。
以前と同じメールの設定をやり直せば、以前のメールボックスがそのまま読み込まれます。
例え問題が発生したとしても、com.apple.mail.plist と Mailフォルダをバックアップしているので、いつでも以前の状態に戻すことが出来ます。
なので、もう一度初期設定ファイルをデスクトップへ移動し、メールアカウント等を再設定されてください。

たびたびありがとうございます。
なぜか自然に送信フォルダは消えてしまいました。
メールアカウント等の設定をこれから行ってみます。
またよろしくお願いします。

色々試してみたところ、自然に消えないファイルは、フォルダ移動や、カラー設定等のルールを設定しているメールでした。
ルール設定していないメールは自動で削除されます。
ルール設定しているメールだけがゴミ箱のこのMac内の中のフォルダに残ります。
これは仕方が無いことなのでしょうか?

> 自然に消えないファイルは、フォルダ移動や、カラー設定等のルールを設定しているメールでした。
環境設定＞アカウント で設定したものは、それぞれのメールアカウントにある受信、送信済み、ゴミ箱メールボックス等にあるメールのみに適用されます。
そのため "このMac内" のメールボックスにあるメールには適用されないので、このMac内のゴミ箱メールボックスにあるメールは自動で削除されることはありません。
ルールでカラー設定のみを行った場合どうなりますか？
このMac内のメールボックスに移動させないで、カラー設定のみを行っているのに削除されない場合は、問題があります。

いつもお世話になります。
メールを削除した時、ゴミ箱に入りますが、
それぞれのアカウントではなく、このMac内に自然に入ってしまうメールがあります。
この動作ルールがよくわかりません。
それぞれのアカウントの中のメールは、カラー設定していても自動で削除されます。
このMac内に入ってしまう削除したメールのルールというか、
ゴミ箱に入れただけで自然に振り分けられてしまいます。

> それぞれのアカウントではなく、このMac内に自然に入ってしまうメールがあります。
受信メールボックス内のメールを削除したときに、勝手にこのMac内等他のメールボックスに移動してしまう場合、ルールか迷惑メールの設定ファイルが壊れていることがあります。
Mail.appを終了させた状態で、ルールか迷惑メールの設定ファイルをデスクトップへ移動させて、様子を見られたらどうですか。
ルールの設定ファイル
/Users/ユーザ名/Library/Mail/MessageRules.plist
/Users/ユーザ名/Library/Mail/MessageRules.plist.backup
迷惑メールの設定ファイル
/Users/ユーザ名/Library/Mail/LSMMap2
また、下記を参考に各メールボックスの再構築と、“Envelope Index”の再作成もしておいた方が良いかも知れません。
「メッセージが見つからない、または“メッセージがダウンロードされていません”という警告が、Mail を開くときに表示される」
http://docs.info.apple.com/jarticle.html?artnum=303803-ja

ご回答ありがとうございます。
一定のルールのみこのMac内へ入ってしまうようです。
まずそのルールを停止してみます。
手動では削除可能なので、少し様子を見てみます。