受信メールボックスの件数表示がおかしい

下記の 2 を参考に、Envelope Indexを再作成してみたらどうでしょう。
「メッセージが見つからない、または“メッセージがダウンロードされていません”という警告が、Mail を開くときに表示される」
http://docs.info.apple.com/jarticle.html?artnum=303803-ja

ぽん太さま、速攻の返信ありがとうございます。
すぐに試してみました。一度直ったかに見えましたが、別のメールボックスへ移ってふたたび当該ボックスを選択したところ、同じ症状となりました。
このままでもメール機能自体は問題なく使えるのですが、見た目かなり気持ち悪いです。

Mail.appを終了させた状態で、
システム環境設定＞MobileMe＞同期 を手動にし、
MobileMeのWebサイトにログイン後、アカウント＞容量保存の設定 で、
割り当て容量を変更して、MobileMeをログアウトし、5分ほど待った後に、
システム環境設定＞MobileMe＞アカウント で、メールの保存容量を確認。
先程のEnvelope Indexを再作成してみたらどうでしょう。

ぽん太さま、たびたびアドバイスありがとうございます。
ご指示の通り試しましたが、残念ながら解決しませんでした。
本日確認したところ、Intel版のiMacでも同じ症状でした。Web上のMobileMeのMailでも受診トレイの表示がおかしい（○○○件中10件となっているのに5件しか表示されていない）ので、やはりそこに問題があるようです。

> Intel版のiMacでも同じ症状でした。
MobileMeで同期しているので、同じ症状が出ていてもおかしくないと思います。
上記の操作をしているとき、一つだけのMacを起動し、他のMacは終了させていますか？
上記操作を終了後、Mail.appの メールボックスメニュー＞すべてのアカウントを同期 をしても同様でしょうか。
関係ないかも知れませんが、SyncServicesをリセットしてみたらどうでしょう。
最新のデータがあるMacだけを起動して操作し、
その後、システム環境設定＞MobileMe＞同期＞詳細＞同期データをリセット で、
そのMacの情報→MobileMeの情報 に置き換えてみたらどうでしょう。
http://support.apple.com/kb/TS1627?viewlocale=ja_JP
解決しない場合、MobileMeのサポートへ問い合わせをされてみたらどうですか。
そのときのお決まりとして、下記の様な事を聞かれるので、
問い合わせの内容に書き込まれていた方が良いかと思います。
同時にこのトピックのURLも書かれた方が良いです。
● ディスクユーティリティでディスクの修復とアクセス権の修復をしたか？
● SafeBootは行ったか？
http://support.apple.com/kb/HT1455?viewlocale=ja_JP
● システム環境設定＞MobileMe でサインアウトし、適当なアカウント名とパスワードを入力してログイン操作を行い、システム環境設定を再起動し、正しいアカウント名とパスワードを入力してログインするとどうなるか。
● Mail.appを終了させた状態で、下の二つをデスクトップへ移動させ、MobileMeのアカウントのみを再設定してみたらどうなるか。
動作確認後、Mail.appを終了させた状態で、元に戻してください。
/Users/ユーザ名/Library/Preferences/com.apple.mail.plist
/Users/ユーザ名/Library/Mail
追記：
Mail.appの左側にあるメールボックスの並び順は、他のMacでも同様ですか。
並び順が異なると、他のMacと上手く同期出来ないときもあるみたいです。

ぽん太さま、ご丁寧なアドバイス本当にありがとうございます。
自宅がiMac G5、職場がIntel iMacなのですが、前回ご教示いただいた作業を自宅で行った時には職場のMacの電源は落ちていました。
ただ、MobileMeの同期の問題ということでふと思いついた（思い出した）のですが、この症状がでたのは一ヶ月ほど前にiPhoneを購入してMobileMeの設定をしてからではないかという気がしてきました。iPhoneでも@mac.comのメールアカウントを同じように同期して使っています。
メールボックスの並び順は両Macとも同じです。

全てのアプリケーションを終了させて、
システム環境設定＞MobileMe＞同期 で、
登録されているコンピュータを全て登録解除し、
SyncServicesをリセットしてみたらどうですか。
それでダメならMobileMeのサポートへ問い合わせをされた方が良いと思います。

同期しているすべてのMacを登録解除し同期しなおしてみましたがダメでした。やはりサポートへの問い合わせしかないようですね。
ところで、システム環境設定のMobiliMeには「すべてのMac、 PC、 iPhone、 iPod touchを云々・・・」とありますが、"同期しているコンピュータのリスト"にはiPhoneとiPod touchは見えないんですね。確かに"コンピュータ"ではないかもしれませんが・・・
ぽん太さま、いろいろとアドバイスくださりありがとうございました。