ファイルシステム的にはMacOSであってもHFS+(MacOS拡張フォーマット)を使っていれば255文字まで使用出来ます。Finderでは表示は31文字までですが、MacOSXで作成した31文字以上のファイルもファイル名を壊す事無く扱う事が出来ます。ただし表示は#での省略表示となりますし、MacOSで名前を付ける場合は31文字までです。この辺りはYunyさんも書かれている通りOSの仕様です。他のアプリケーションとの互換性もありますしね。
制限を超える云々は、MacOS自体の設定を変えたりの方法では対処出来ませんが、確かMacOS9側で31文字以上のファイル名を付ける/表示する為のユーティリティが存在していたと思います。すいません、名前は失念してしまいました。CarbonAPI的には31文字以上を扱う為の方法も用意されているようです。以前MacWIREのプログラミングの記事でCarbonアプリケーションでロングファイル名を扱う方法の解説が載ってました。
ちなみにHFS+はファイル名をUNICODEで格納しているので、MacOSX側からなら日本語でも255文字まで付ける事が可能です。
ファイル名の後半が表示されなくなった問題に付いては、初期化する際のバックアップのとり方などが関係あるかもしれません。上記の通りFinderでバックアップをとって戻してそうなったのなら不具合でしょうけど、他のユーティリティを使った場合、ロングファイル名に対応していなくて31文字以降が切り捨てられたのかもしれません。