LAN内のMac同士のデータ転送が異様に遅いのですが

DNS がらみの問題ではないかと思います。DNS はどうなっているでしょうか？
すべてルータのアドレス（ルータに簡易DNSサーバ機能があるとして）になってますか？本当はこういう場合、 ラン内では、Mac 同士だと、Bonjour で名前解決するはずなのですが。
きちんとラン内専用のDNSサーバを立てていればこういう問題は起こりません。
AFP でも FTP でも Samba でも同じ程度の速度が出ます。

返信ありがとうございます。
DNSサーバの設定は、Mac miniもiBookもルータのIPアドレスを指定していました。
元々名前解決自体は問題なくできているように思うのですが、今回の問題と関係あるでしょうか？

> Mac miniもiBookもルータのIPアドレスを指定していました
ならば、Bonjour に対応しているかどうかですね。
> 元々名前解決自体は問題なくできているように思う
外のアドレスに対してだけと違いますか？ラン内のアドレスに対しては出来てないのでは？Bonjour がそれをやるのですが、コンピュータによって対応がちぐはぐ（片方は対応しているのに、他方は対応してないなど）だとおかしなことになります。
コンピュータ通信では、DNS は普通に思われている以上に重要です。速度が遅いのは、たいていこの関係がうまく出来てないから、といっていいです。Winodws も Mac も、ラン内のホストに対しては、それぞれ独自の方法で名前解決するようにしています。相互に互換性はありません。一番確実なのは、TCP/IP で名前解決してやることです（自分でラン内専用の DNSサーバを用意してやる）。これはどのプラットフォームでも優先されますので。
相手の指定を IP アドレスの直指定にするとどうですか？

Mac mini・iBookを有線接続してみましたか？

> Mac mini・iBookを有線接続してみましたか？
そう、両方共同じネットワークにいるかどうかですね。
無線と有線だと、注意してないと、違うネットワークになることがあります。Bonjour が有効なのは同じネットワークの中だけです。
アドレスがどうなっているのか出してもらえればすぐ分かるのですが。

> 相手の指定を IP アドレスの直指定にするとどうですか？
当たりっぽいです。
IPアドレス指定だとWindows-Mac間のファイル転送とあまり変わりない体感速度でデータ転送できました。
解決方法が見つからない時のワークアラウンドにしようと思います。
ただ、名前解決ができていないのであれば全く通信不能になりそうなものなのですが、転送速度が遅くなるだけというのは、それも名前解決の問題なのでしょうか。

> そう、両方共同じネットワークにいるかどうかですね。
「同じネットワーク」というのが何を指しておられるのかわからないのですが、IP的に同じサブネットにいるか、ということでしょうか。
であれば、IPアドレスの上位3バイトが同じ値で、サブネットマスクも"255.255.255.0"ですので、同じサブネットにいるのは確かだと思います。
> Mac mini・iBookを有線接続してみましたか？
残念ながら使用ルータ(ルータ機能内蔵のADSLモデムですが)にLANポートが1つしかなく、手持ちのハブも10Mbps固定のものだけなので、実験ができません。

> 名前解決ができていないのであれば全く通信不能になりそうなものなのです
外との通信ではありませんので、名前解決が出来ない（主に逆引きが問題になる）ときにはタイムアウトするまで待たされるだけです。このため、全く通信できなくなるということはありませんが、遅くなります。
パソコンが数台のネットワークなら、各パソコンにホストファイルを用意してやるだけでもいいです。マック間だけの問題なら、マックに用意してやるだけでいいかもしれません。ホストファイルとは、/etc/hosts に IP name とIP address のペアをアスキーテキストで書いておけばいいです。OSX では、正式には netinfo でやるのですが、/etc/hosts を用意するだけでもよいようです。
家庭内ランのことなので、IP name は適当に自分の好きな名前にしておけばいいです。

すいません、後学のために教えてください。
> 外との通信ではありませんので、名前解決が出来ない（主に逆引きが問題になる）ときにはタイムアウトするまで待たされるだけです。このため、全く通信できなくなるということはありませんが、遅くなります。
「名前解決ができない」ということは相手のIPアドレスが分からないわけですから、全く通信できなくなるような気がするのですが…。
この認識は間違ってますか？
もし名前解決できないでも通信できるのであれば、相手のIPアドレスはどうやって取得するのでしょう。
もしくは、相手のIPアドレスが分からないままどうやってIP経由の通信をすることができるのでしょう。
すいません、本題とは少し離れるかもしれませんが。

>「名前解決ができない」ということは相手のIPアドレスが分からない
名前解決というのは２つの意味があります。IP name から IP address を割出すことと、IP address から IP name を割出すこと（逆引）です。TCP/IP 通信の場合、IP address だけ与えても、その情報だけで通信するわけでなく、それが信頼できるものかどうかを確かめる手段として、通信のたびに逆引をチェックするものがたくさんあります。IP address が分かっていても、逆引きできないと、ほとんどの場合、遅くなります。ラン内の通信を円滑にするためには、逆引きも出来るようにしておく必要があります。これは、TCP/IP では、ラン内のDNS を整備するか、hosts ファイルを用意するかになります。ISP のDNSはグローバルアドレスの名前解決しかしません(グローバルにあるDNSはプライベートアドレスに対する名前解決要求に対しては答えてはいけない規約になっているからです。これはグローバルネットワークでプライベートアドレスの名前解決をすることによるTCP/IP 通信の混乱を防ぐためにそう決められています)。だから、プライベートランの名前解決は利用者自ら用意するより他にありません。（そしてそれはグローバルに決して洩れないようにしなければいけません）
名前からIPアドレスを割出すのは、TCP/IP のDNS以外にも、OSX だと Bonjour だとか、Winodws だと、Winodows Domainとかいろいろあります。こちらでアドレスが分かれば、それを TCP/IP でも使うようにしていることは多いです。これらは全ての機器が対応していれば逆引きも出来るのではないかとは思います。しかしパソコンOS特有のやり方はラン内の機器全てが対応しているわけではないことがほとんどですし、OS のバージョンによっても対応が違ったりするので当てに出来ません。

詳細なご説明をいただき、ありがとうございます。
ということは、"吊るし"の状態のMac(OSX10.4)をLANで接続して、"パーソナルファイル共有"をONにするだけでは、最適な状態では通信できない、という理解で合ってますでしょうか。
とりあえず、IPアドレス指定でそれなりの速度での通信ができるみたいですので、当面はそれでしのぐことにします。
ここの設定を確認してみて、とか、ここの設定を教えてくれたらアドバイスができるんだけど、というようなコメントいただけるとありがたいです。

すいません、直接お返事を返してませんでした。
内容的には重複しますが、
> Mac mini・iBookを有線接続してみましたか？

残念ながら使用ルータ(ルータ機能内蔵のADSLモデムですが)にLANポートが1つしかなく、手持ちのハブも10Mbps固定のものだけなので、実験ができません。

有線でのテストということなら、ケーブルで両者を直結すればいいですよ。

> 有線でのテストということなら、ケーブルで両者を直結すればいいですよ。
すいません、これは何をテストすることになるのでしょうか？
このテストで100Mbps相当でファイル転送できたとして、その結果はどう使うのでしょうか？
一応どちらのMacも、ルータ経由でLAN外(インターネット)のサーバに接続する時は、LANが律速段階になることはありませんので、MacおよびLANのハードウェア的問題はないと認識しています。

>その結果はどう使うのでしょうか？

件の名前解決等は、有線か無線かに依存しませんので、原因を絞れます。
十分な転送速度が得られるのであれば、無線路関係に問題ありということになり、有線でも不十分であれば、ＯＳＸのネットワークサービスのどこかにトラブルを抱えている可能性が大きいということになります。