＞MAC用のファイヤーウォールを入れていますが、MACについている簡易ファイヤーウォールもサービス開始にしてみたらここにもログが記録されていました。
System Preferences/Sharing/Firewall のAdvanced...内の項目が、ログを残すように設定されていれば、system.logにログは生成されます。通常、サードパーティ製firewallソフトウェアをインストールしている場合は、Mac OS X のfirewallはoffにします。前もって準備すべき構成については、あなたのNetBarrierの使用法に記載されているはずです。
＞ファイヤーウォールを入れていない時に比べるとずいぶん少ないですがいくらか記録されるということはファイヤーウォールを通り抜けてしまうアクセスなりポートスキャン等があるということなのでしょうか？
『ファイヤーウォールを通り抜けてしまうアクセスなりポートスキャン等』どちらのfirewallですか？ISP、Apple実装のipfw、ルーター実装のもの、それとも NetBarrier？
記録されているログが防御されている内容であれば、firewallのソフトにバグでもない限り、通り抜けていません。 NetBarrier を使用するにあたり、System Preferences/Sharing/Firewall の設定内容を適切に設定しているかどうかが大切です。
システム設定でApple firewall も NetBarrier firewall のログ取りも生かしていますので、両方のログ内容の基本的なものは一致していなければなりません。一致有無はあなたの発言内容からは判断できません。 NetBarrierのログに生成されないものがApple firewall ログに生成されるのであれば問題です。
双方のログが一致している場合で、source IPアドレスからの無効な（常に不正とは限らない）パケットにおいて、あるremote IP アドレス（ISP側） とlocal IP アドレス（貴マシン）の接続確率時に、防御されている件数がどのくらいなのか、どのネットブロック（例："220.123.546.78"の220の８ビットブロック、220.123の１６ビットブロック、 220.123.546の２４ビットブロック）からのアクセスレベル・比率・内容、使用されたsourceポートとdestinationポート番号、source IP アドレスとその頻度、そしてそのネットワークを管理する組織（ISP等）などを総合的に理解しないと、あなたの求める答えは出ません。勿論、TCP/IP の仕様も広範囲に知る必要があります。
また、契約先ISPのセキュリティ政策、具体的なフィルタリングなどの情報も把握していないと、あなたのクライアントマシンで何故防御しているのか理解しにくいでしょう。通常は、これらISPのセキュリティ構成の具体的な内容は教えてくれないでしょう。
ipfw もしくは NetBarrierの防御ログのスレッドを投稿してくだされば可能な限り分析します。ログイベントが少ないと分析困難です。
