デイスクトップがパッケージになってしまいます。

Desktopフォルダのバンドルビット（属性の一つ）が立ってしまっているのでしょう。DeveloperToolsをインストールして"/Developer/Tools/SetFile"を使って以下のコマンドを実行して、再ログインみてください。
/Developer/Tools/SetFile -a b $HOME/Desktop
GUIなユーティリティでこの辺りの属性を触れるものもあると思いますが知らないので取りあえず。
＞これってどうなっているのでしょうか? 特に操作ミスをした訳ではないと思いますが。
なんかおかしなものが動いているのかも。

バンドルビット(kHasBundle)はリソースフォークを読み取って、
クリエータタイプやファイルタイプに関する情報を取得して
DesktopDBに書き込む必要があるのかを示すもので、
フォルダには設定されないと思いますよ。
Finder Flags
フォルダがパッケージになるのは、フォルダとして扱うべきとして
データベースにある拡張子がついている場合か、
PkgInfoという名のファイルが中にあるかどうかが関係しています。
アプリケーションなどの中のPkgInfoをデスクトップにコピーしたりして、
そのまま再起動したりするとそういう状態になると思います。

Packages in Mac OS 9を読んでください。

申し訳有りませんが、技術的知識が不足しているせいかそれぞれの指示サイト拝見しましたが、理解できません今は管理者のデスクトップがハーケージになっておりアイコン類を置けず保存も出来ません。これを回復する方法は無いでしょうか、それとパッケージが受け継がれるようですがそのDNAはどれにあったか調べる方法は無いでしょうか?よろしくお願いします。

＞理解できません
msg#1のどの部分が理解出来ないのか書き出してみてください。
msg#1.1とmsg#1.1.1は気にしなくていいです。（thumbさんごめんなさい）
・DeveloperToolsが何か解らない。
・DeveloperToolsのインストールが解らない。
・コマンドの実行の仕方が解らない。
ーーー
CoelaだとDesktopフォルダ触れなかったんだけど、もしかしたらXRayなら大丈夫かも？　DesktopフォルダをこいつにDrag&Dropして、下にあるpackageのチェックを外してみてください。

書き忘れていますが、OS10.3ですサイトはOS9に書かれているようですが?

>msg#1のどの部分が理解出来ないのか書き出してみてください。
ソフトはインストールしましたがそのあとの完了コマンドが出てきますが
/Developer/Tools/SetFile -a b $HOME/Desktopのコマンドが入力出来ません。

＞/Developer/Tools/SetFile -a b $HOME/Desktopのコマンドが入力出来ません。
実行出来ないのではなく、入力出来ないのですか？
エラーメッセージは出ていますか？
え〜と、念の為に確認しますがTerminal上でやってますよね？
ーーー
＞"/Developer/Tools/SetFile"を使って以下のコマンドを実行して、
読み返してみると、なんかおかしな書き方をしている様な気がしてきた(^^;)
「Terminal上で以下のようにSetFileコマンドを実行してください」かな。

>え〜と、念の為に確認しますがTerminal上でやってますよね？
Terminal上が解りません。
＞"/Developer/Tools/SetFile"は解ったんですが?
よければ具体的にお願いします。

"/Applications/Utilities/Terminal"（日本語環境は適当に読み替えてください）
を起動して、「/Developer/Tools/SetFile -a b $HOME/Desktop」の鍵括弧の
中の部分をTerminalのウィンドウにコピー＆ペーストしてリターンを押してください。
以上です。後は再ログインするなり再起動するなりすれば元に戻っているはず。

ちょっと忙しかったせいもあって確認が遅れました。
たしかにフォルダのバンドルビット(にあたる場所)をオンにすると
中の構造を無視してフォルダをパッケージと見なすようですね。
アプリケーションとか、TextEditで作った画像入りファイルとか、
パッケージフラグのオンオフに関わらずパッケージになる
フォルダもあるので関係ないものと思ってました。

パッケージには、バンドルビットを使ったMacOS9から導入されたものと、MacOSXから導入されたNeXT由来のものの2種類があります。
前者はバンドルビットを使っているためHFS(HFS+)上でしか機能せず(※)、後者はバンドルビットを使わず一般的なファイルシステムがサポートしている機能のみで実現している為、どのファイルシステムやアーカイバで扱ってもパッケージが壊れないという特徴があります。ディレクトリを扱えなかったり、ロングファイル名がサポートされてなかったりすると、この限りではありませんが。
＃※：FileExchangeを使えばDOSメディア上でも機能するのかも知れませんが。
MacOSX環境でバンドルビットを使ったパッケージとしては、PalmDesktopのコンジットファイルがあります。旧バージョンのDropStuffなんかで圧縮かますと、フォルダのバンドルビットを無視してくれるので、展開後にはフォルダになってしまったりという事がありました。
Pantherのアーカイバ機能はちゃんとバンドルビットも保持してくれるようですね。
＞たしかにフォルダのバンドルビット(にあたる場所)をオンにすると
＞中の構造を無視してフォルダをパッケージと見なすようですね。
MacOS9には、不意にバンドルビットが立ってしまってパッケージになったフォルダを修復する為のユーティリティとして、PackageFirstAidが付属していました。

もださん有難うございます。
それから/Developer/Tools/SetFile -a b $HOME/デスクトップをTerminaで入力してみましたが、一行にもとに戻りません。管理者で使用しているデイスクトップにはＨＤＤも接続しているMOも出ていません。他のユーザを作って使っていましたが、そちらもおかしくなってきました。いまはディスクトップがパッケージにはなりませんが、HDとMOは表示しません。

＞/Developer/Tools/SetFile -a b $HOME/デスクトップ
「/Developer/Tools/SetFile -a b $HOME/Desktop」です。
＞ＨＤＤも接続しているMOも出ていません。
こちらは、Finderの環境設定次第です。

もださん有難うございます。やっとデイスクトップにアイコンが戻ってきました。パッケージになったファィルは解りませんが、これでしばらく使ってて見ます。