HD使用量の計算が合わず、残り容量が異常に少ない。

AppleShare: Network Trash についての説明
http://til.info.apple.co.jp/cgi-bin/WebObjects/TechInfo.woa/wa/showTIL?id=15774
これではありませんか？
古いTILですが、クライアントにOS9などが含まれる場合、OS X Server 10.3.xでも確かNetwork Trashが作成されていたと思います。

FISHさん、レスありがとうございます。
OS9マシンのゴミ箱を消して回りたいと思いますが、100GB以上もの容量差はOS9が原因にしてはちょっとおかしいと思っています。
朝の時点で残り15GBでしたが、昼前で14GBを割り、現在13GBを割っています。
何かに急激に食いつぶされていっている感じです。
サーバ管理のアプリ以外は何も起動していないんですが。

環境にもよりますが、ファイルサーバを半年、１年と運用していると、Network Trashが100GBに達することは、珍しくないと思いますよ。
（私も、同じ経験があります。）
一度、ターミナルから確認されるか、ターミナルの操作に不慣れであれば、不可視ファイルを可視化するユーティリティを利用されてみてはいかがでしょうか。

そのRAID自体が起動ディスクなのでしょうか？もし起動ディスク＝RAIDでしたら、ログファイルがとても大きい（エラーログが膨大で）という可能性もあります。コンソールでログをチェックしてみてはいかがでしょうか。/var/logの下が怪しいです。
起動ディスクでなかったら忘れてください。

＞isseさん
はい、起動ディスク自体をRAIDにしてます。
それで、FISHさんご指摘の不可視ファイルを可視化するユーティリティとしてTinkerToolというのを入れて、/var/logを見てみましたが、186MBくらいでした。
一応、残り容量が喰われていくかのような現象（減少）は、今のところ落ち着きを取り戻しました。なぜだか昨日、目の前で勝手にサーバが再起動しまして、それからは13.43〜45の間で推移しています。
それにしても、132GBもの容量差は依然として腑に落ちませんので、可視化できている状態でひとつずつチェックしていこうかと思っています。
（ちなみに、Network Trash Folderの容量はゼロでした）

不可視ディレクトリのパスを知っていれば Finder で Cmd+Shift+G
でパスを入力するとそこに移動できます。/var/log/ 以外だと /cores
なんかもチェックしてみるといいかもしれません。あるいは Lost+Found
見たいな名称のディレクトリが出来ている可能性もあります。
OmniDiskSweeper を使って心当たりもないのに不必要に
多いディレクトリ容量になっているディレクトリを探っていって中身を
チェックしてみるのが、現実的かもしれません。

ターミナルから、「sudo du / > du.out」とでもしてディスク使用量をファイルに書き出してはいかがでしょうか？時間はかかりますが、ほっとけばそのうち終わりますし、あとでゆっくり出力を解析すれば良いですし。出力が膨大になりすぎるようなら、-dオプションで階層を制限し、使用量の大きいものを再度du、でもかまわないでしょう。

Xanaduさん、Y. Kawabeさん、ありがとうございます。
そんな方法があるとは知りませんでした。
OmniDiskSweeperも落とした事だし、あとでターミナルから容量を調べてやってみようかと思います☆

ターミナル上でコマンドを入力するのに抵抗が無いならY.Kawabeさんの言うようにduを使うのがいいと思います。ターミナルで　man 　du　とすれば説明がでます。
どうせつかうななら sudo du -hs /* がいいのではないでしょうか。
それで、容量をとっているディレクトリを探して、そのディレクトリの下を探っていくのが真っ正直な方法でしょう。ちなみにsudoをするのは念のためです。

私の職場にある XServe でも同じ現象が起きています。
OSX Server 10.3.9で、80GB × 2 の RAID を 1パーティションで使用し、afp, smb, ftp が稼働しています。
3日ほど前までは 70GB 程度の空き容量があったのですが、木曜夜の時点で 30GB まで減っている事に気づき、明らかに異常な減り方なので OS を再起動しましたが状況は変わりませんでした。
FISHさん、isseさん、Y. Kawabeさんが書かれている事も一通りチェックしましたが、怪しげなところは見出せていないのが現状です。
また、上記の件と関係あるかは分かりませんが、再起動後に ftp サービスが停止していたので、サーバ管理の『サービスを開始』を押したのですが、押した瞬間にカーネルパニックが発生して再起動を余儀なくされます。
何か分かったら、また書かせて頂きます。
OS 再インストールした方が良いのかな・・・

怪しげなところは見いだせないというのはどのような意味でしょう。
duで各ディレクトリの使用量が出力された訳ですから、それと全体の利用量が
一致しているか確認して、一致しているなら、使用量の多いデレクトリの中身を
確認していけば必ず原因が分かると思いますが、それでわからなかったというのは
解せません。
もしかして、duの出力でエラーがでなかったと言いたいのでしょうか？

Finderの示すディスク使用量がおかしいのかもしれませんので、まずは「df」コマンドで本当にディスク使用量がFinderでの値と一致しているかチェックすべきですかね。「df」でも同じ値であれば、「du」で必ずどこが大量に使用しているのかはわかるはずです。

Network Trash Folderは、それぞれの共有ポイントごとにあって、さらにその中に Trash Can #1 などというフォルダがありその中にさらにネットワーク上のクライアントからごみ箱に入れられたファイルなどがあります。
こちらでも残り容量が著しく少なくなったときにはroot権限でそれらのファイルを削除したところ、正常になりました。
本当はネットワーク上のクライアントから削除すべきなのかもしれません。

ディスク容量はdfコマンドで表示できます。kb単位なら
df -k
です。また、ルートディレクトリにいて、おのおののフォルダの容量合計を表示するなら
du -sk *
du -sk .*
でできます。こういうものでいちいち調べてみるのはいかがでしょう。

Isseさん、Y. Kawabeさん、spherical cubeさん、たいへんためになる情報ありがとうございます。
さっそく昼休みにduコマンドを走らせておいた結果、/private フォルダの容量が121Gと表示されていました（！）。先のユーティリティーで不可視ファイルを可視化させた状態で、ファインダーから情報を見るにしても、そちらでは350MB程度でした。
どうやらここらが原因のようです。
週末の間に、/private の中をduしておこうと思います。
とりあえず、大容量を喰っている領域がわかっただけでも、気分的には少し前進しました。
ひとまずご報告まで。