Finderが重くなりシャットダウンできない

問題がソフトウェア的なものか、ハードウェア的なものかを区分ける必要があります。HDDを２台搭載しているということですので、片方に10.4.10をインストールし、移行アシスタントを使わないで様子をみてはいかがでしょうか。
ここで問題が起きないようであれば、移行アシスタントに起因していることがはっきりします。もしそれでも問題が起きるようであれば、すべての周辺機器を外した場合はどうか。メモリ増設をしているのであれば、その増設分のメモリに問題があるのではないかなどを疑ってみてください。

yamamoto さん、こんにちは
う〜ん、正直なところ、これだけで原因を判断する事はできません。言えるのは、まずディスクユーティリティでアクセス権の検証と修復を試して、インストールディスクから起動してドライブの検証と修復、HardwareTestで起動して動作確認くらいでしょうか？ついでに、アクティビティモニタを起動しておいて、重くなった時に何がCPUパワーを食っているのかを確認してください。プリンタ等の周辺機器関連で遅くなった事も考えられますので。
《書き込みにコメント付け隊》
　　　いとうみきでした

TMODAさん、いとうみきさん、
ご教示ありがとうございます。
今のところ、症状は1週間に１回でるかでないかといった所です。
ご指摘の方法を順次試してみることと致します。

> やむなく本体の起動ボタンを押し続けることでようやくシャットダウンします。
電源ボタン長押しは避ける方がいいです。
マックを何台かお持ちのようですから、リモートログインできるようにしておいて(システム環境設定／共有で設定できる)、他のマックのターミナルから、
ssh user@ip_address
としてログインし(user は実際のアカウント名にする)、
shutdown -h now
とすればシャットダウンできます。
ファインダーの反応が非常に悪い時(時には全く動かないとき)でも、リモートログインなら、ほとんどの場合、さくさく動きます。

はにさん、
ご教示ありがとうございます。
「電源ボタン長押し」はよくないのでしょうか？
仕事で使用しているため、止まってしまうと大事になってしまいます。