ハードディスク不良？

HDDにファイルの分断化が起こっているのだと思います。映像だとか大きなdataの編集や消去を行うと起こります。お試し版の"iDefrag"を落とされてHDDのfileがどうなっているかご覧になったらお分かりになると思います。
# OSXは自動でデフラグの解消を行いますが20MB以下です。
iDefragを駆ける時はディスク、アクセス権の修復を行い、backupをお取りになってから行わないともしもの時は大変な事になりかねませんので注意して下さい。また緊急時に起動出来るOSXも準備された方が良いと思います。:-)
OSXとdataをpartition(またははHDDで)で切りファイルの分断化が起こりにくい工夫をされると良いと思います。例えばdataの保存場所、作業場所を作るなどされると長期間Macをお使いになっても常にBESTな状態で使えます。
さもなければ作業が終わらない(終了出来ない)processが動き続けているのかも。

>バックアップした同一環境の外付けHDDから起動するとスムーズに動いているので、
内蔵ＨＤＤとその上のＯＳＸの問題と考えるのが普通では。
>遅くなっているときのCPUの使用率は50%以下で、
50%は高いんじゃないかと思いますが、このときCPUを食っているプロセスは？
内蔵と外付けに相違点はないでしょうか。
　ＯＳＸは本当に同じか
　内蔵ＨＤＤの空きが極度に少ないとか。

お返事ありがとうございます。
早速落として分析してみましたが、約60万ファイルの内、670ファイルが断片化していました。これが多いのかどうか分かりませんが、そんなに大きなファイルは扱わないので、そんなに断片化はしないのではないかと思います。
作業が終わらないprocessがCPUを食っているのならば分かるのですが、CPU利用率は高くありませんでした（一つのプロセスに瞬間40%ぐらいはありましたが、常時10%を超えることはありませんでした）。終了できないCPU利用率が低いprocessがパフォーマンスに影響するでしょうか？

abcdefgさん、ありがとうございます。
＞50%は高いんじゃないかと思いますが、このときCPUを食っているプロセスは？
勘違いさせてしまう書き方だったかも知れませんが、瞬間40%ぐらい食っているプロセスはありますので、このように書きました。ならすと10%ぐらいでしょうか？　そのとき一番CPUを使っているプロセスは、フロントに出ているアプリです。
＞内蔵と外付けに相違点はないでしょうか。
syncronize! proで起動可能なバックアップシステムとして外付けHDDにバックアップしているので、同一のはずです。
内蔵HDDはパーティションで２つ(30G+30G)に仕切ってあり、OS Xの入っている方の空きは7.8Gとなっています。

> 終了できないCPU利用率が低いprocessがパフォーマンスに影響するでしょうか？
HDDに空きがあればデフラグは心配する事はないと思います。それと映像とかの編集や消去をされないようですので...
あと考えられる事は3rd partyの何かが問題を起こしているのだと思います。それを突き止めて問題を取り除かないと直らないと思います。外付けHDDと内蔵HDDの違いを比較されたら良いかも知れません。壊れた設定fileに書き込もうとしているのかも知れませんので新しいユーザ・アカウントで試されたら良いかも。:-)

HDD は検証などしても何も問題は出てないですか？
メモリーはどれぐらい載せているのでしょうか？
HDD も、購入以後一度も交換してないなら、安全のために交換もいいかも知れません。外付ドライブは 2.5' ですか？もし、3.5' なら、そちらの方が速いのは致し方ないです。同じ 2.5' でも、外付の方が速い、となるとどうしてかよくわかりません。
7200rpm のドライブにしても問題ないです。ただ、深夜など静かな環境だと、若干音が気になるかも知れません。しかし、2.5' HDD は 3.5' に比べれば、パーフォマンスは落ちますので、7200rpmにしたところで、それで体感できる程速くなるか？、というと？と思います。HDDのメーカによっては、時々詰まったような感じになるものもありますので、そういうこととスワップが関係しているとかかも知れません。もしそうなら、HDD は5400rpm で同じでも、別のメーカのものにして(Cache サイズの大きいものが吉)、メモリーを増やす方が効果あるかも知れません。

はにさん、ありがとうございます。
検証しても問題はありませんでした。メモリは1Gです。
HDDは2年ぐらい前に、アップルケアで交換してもらいました。そのときは内蔵ディスクからは全く起動せず、外付けからは起動できたので、HDDだと分かったのですが、今回はなんだか症状として微妙なので、本当にHDDが問題なのかと思いお尋ねしてみました。
外付けは3.5インチですが、内蔵ディスクから起動したときに遅いというのは、我慢できないぐらいに極端に遅いので、ドライブの差の問題ではないと思います。
で・・・、ここまで書いて気がついたのですが、外付けから起動してしばらくたっているのですが、内蔵ディスクにfinderでアクセスすると、開くのに極端に時間がかかるようになりました。外付けの方は問題ありません。起動直後（ここに書き込んだ時刻）は問題なさそうだったのですが。
やっぱり内蔵ディスクがおかしいようですので、交換を試みてみます（すぐにはできませんが・・・）。。
HDDは5400rpmでcacheが大きい方を選んでみることにします。
皆様、ありがとうございました。

> 我慢できないぐらいに極端に遅い
検証でHDDそのものに問題ないのなら、可能性としては、ロジックボード(ide インターフェース)の方の不良も考えられます。Apple Hardware Test もかけてみる方がいいと思いますよ。
あと、コンソールログに何か出てないか見ておく方がいいと思います。

はにさん、ありがとうございます。
コンソールを見てみたのですが、問題がありそうなのでは
In HrOamApplicationGetCommandBars
というのが８０個ぐらい連なってはき出されているのですが、どういうエラーでしょうか。googleではよく分かりませんでした。
よろしくお願いいたします。

Apple Hardware Test は異常なしでした。
報告まで。

ハードディスク交換をして症状はなくなりました。
ハードディスクの機械的な不良で遅くなることがあるのですね。
勉強になりました。
皆様、ありがとうございました。
＃取り出したHDDはどうしよう・・・？

HDケースを購入して、外付けHDにして再利用されてはどうですか？
ただし、トラブルが発生したかもしれないHDだということなので、使い物になるかどうかはわかりません。FireWire対応のケースをおすすめします。FwirWire&USB2.0対応のタイプで、3000〜4000円、USB2.0のみ対応のタイプで、1000〜2000円程度で販売されているようです。
信頼性は落ちていたとしても、一台あれば便利かもしれません。