不当命令

エラーコードは '-47' 、マイナスが付加されていませんか？

いえ、なにも付いていませんでした。。。

”Error 47”ですが、マックのシステムには、未使用のエラーコード番号がありますが、これらにも該当しません。
Windows マシン環境下で、複数のアプリケーション側が送出するエラーメッセージが存在（マック側の特定アプリが用意していることもあります）します。消去法で絞り込みますと、マックに関連性のあるのが１つ残ります。RealAudio で、ユーザー側のファイアーウォールやプロキシー設定による影響、若しくは、インターネット上でリモートファイルをプレイしようとした時に、問題が起きるとこのエラーコードが返されます。
”Error 47”が何度も検出されると、ウィルス汚染によるディスク損傷の事例があります。Windows マシン固有のことなので無視されてよいでしょう。
マック側から診ますと、「不当命令・システムエラー」で、shiftを押さないと立ち上がらない状況は、強烈なコンフリクトや非互換性ファイルが存在する。またはディスクが損傷したとしか考えられません。SCSIやUSB の外部・内部装置があれば、そちらの問題も考えてもらわなければなりません。
工場出荷状態に近付けて起動させるために、あらかじめモニター、キーボードとマウス以外の外部装置は外しておきます。マシン本体、モニター、キーボードとマウスに接続しているプラグのオフ・オン（電気的信号伝達の整合性を復帰させるため３０秒前後）をしておきます。
Shift キー押し下げで起動させたらば、次のいずれかのＣＤをドライブに挿入します。
DiskWarriorまたはNorton Disk DoctorのＣＤから立ち上げて、修復を試みます。
持ち合わせていない場合は、Mac OS 9.0 ＣＤから起動してみます。Mac OS 9.0 ＣＤから起動する際には、起動ボタン押し下げ直後（１秒以内）に、commandキー・optionキー・Shiftキー、deleteキーを同時に押し下げます。画面に、「Mac OS」および「Welcome to Mac OS」が表示されたら指を同時に離します。この方法は、ハードディスクを無視して起動する方法です。
この時点でシステムの新規インストール（HFS Plusフォーマット推奨）です。普段からデータのバックアップをされていれば、ハードディスクの初期化（必ず、２つのオプションを選択して下さい）をして、OS 9.0のインストールです。サードパーティ製ソフトを再インストールされる前に、コンフリクトや非互換性ファイルは調べておき、あれば退避されるか削除します。
上述の詳しい内容や作業手順はマシン購入時に添付された「トラブル克服ハンドブック」にあります。事前に御一読して下さい。
最後に、Mac OS 9.0 および9.0.4の Drive Setupには、問題があることもお含み置きください。ハードドライブのセクターを悪化または損傷させやすいのです。OS 9.1のDrive Setup では修正されています。

＞”Error 47”ですが、マックのシステムには、未使用のエラーコード番号がありますが、これらにも該当しません。
トピックをたてた方のハンドルネームが47であって、”Error 47”がでたとは一言もおっしゃっていないと思うのですが・・・一応忠告まで

申し訳ないことをしました。当方の勘違いです。今訂正します。

「不当命令・システムエラー」で、shiftを押さないと立ち上がらない状況は、強烈なコンフリクトや非互換性ファイルが存在する。またはディスクが損傷したとしか考えられません。SCSIやUSB の外部・内部装置があれば、そちらの問題も考えてもらわなければなりません。
工場出荷状態に近付けて起動させるために、あらかじめモニター、キーボードとマウス以外の外部装置は外しておきます。マシン本体、モニター、キーボードとマウスに接続しているプラグのオフ・オン（電気的信号伝達の整合性を復帰させるため３０秒前後）をしておきます。
Shift キー押し下げで起動させたらば、次のいずれかのＣＤをドライブに挿入します。
DiskWarriorまたはNorton Disk DoctorのＣＤから立ち上げて、修復を試みます。
持ち合わせていない場合は、Mac OS 9.0 ＣＤから起動してみます。Mac OS 9.0 ＣＤから起動する際には、起動ボタン押し下げ直後（１秒以内）に、commandキー・optionキー・Shiftキー、deleteキーを同時に押し下げます。画面に、「Mac OS」および「Welcome to Mac OS」が表示されたら指を同時に離します。この方法は、ハードディスクを無視して起動する方法です。
この時点でシステムの新規インストール（HFS Plusフォーマット推奨）です。普段からデータのバックアップをされていれば、ハードディスクの初期化（必ず、２つのオプションを選択して下さい）をして、OS 9.0のインストールです。サードパーティ製ソフトを再インストールされる前に、コンフリクトや非互換性ファイルは調べておき、あれば、一般的にアップデート（対象ファイル／状況によりダウングレード）、退避、削除のいずれかです。
上述の詳しい内容や作業手順はマシン購入時に添付された「トラブル克服ハンドブック」にあります。事前に御一読して下さい。
最後に、Mac OS 9.0 および9.0.4の Drive Setupには、問題があることもお含み置きください。ハードドライブのセクターを悪化または損傷させやすいのです。OS 9.1のDrive Setup では修正されています。

貴重なご意見、ご指導ありがとうございました！
色々試してみたのですが、結局O初期化して解決しました。。。
色々難しいですね。。
これを機に今までパーテーションを切った事なかったのですが、
２つにわけてみました（システムとファイル保存用）。
これで、少しは不具合は回避できるのでしょうか。
iBOOKのほうも、今度機会があればパーテーション分けてみようと思います。

一安心ですね。
>> 色々難しいですね。。
そうですね。不明なトラブルに遭遇したら、時間を浪費しないというために、新規インストールかディスクの初期から作業をした方が良いですね。
パーテーションは２ないし３に切った方が、セキュリティを含め、リスクをもっとも少なくする上で好ましいです。ただし、フラグメンテーションは、切らないよりも増加します。この増加率はＯＳのバージョンによっても、若干差があります。