ファイルが勝手にゴミ箱に移動した。

>ファイルは増設HD内からランダムに移動されていました。
同じような経験はないですが、それはずいぶん恐ろしい話ですね。
まさかウィルスの仕業？ウィルス対策ソフトは入っていますか？
そのMacを誰か他人が触ることができる状態になっているなんてことはないですか(小さなお子様がおもしろがってファイルをゴミ箱に突っ込む、なんてこともよくあるようです)？
>何か気をつける事はありますでしょうか？
このようなことがなかったとしてもHDDトラブルなどでデータはいつ消えるかわかりません。常にバックアップを複数所有しておくことが大切です。
本当に重要なものなら保管場所と保存時期を変えて3つくらいは持っていてもよいでしょう(適宜古いバージョンも持っていないと、今回のようなトラブル時にファイルが消えた状態をバックアップしてしまったら元も子もありません)。
自分は2つのHDDに全データバックアップ+最重要なものをそれぞれDVD-Rに定期的にコピーしてます。

これではないですか?
fileを選択してcommand+deleteでゴミ箱に入ります。
偽装したcommandの実行とは考え難いです。
信用のおけないsiteからzip (mov, jpg, etc.)を落とさせ解凍で実行する。だと消去のほうが得意です。:-)

おそらく、ファイルのi-node部分が破損したのではないでしょうか？
対応されたのはアクセス権の修復のみでしょうか？
OS の install CD などで起動してディスクの修復は試されていませんか？もしくは結果はどうだったのでしょうか？
他にもi-nodeが矛盾した状態のままですと、他のファイルが検討違いのものを参照していたりととても恐ろしいことが起こるかもしれませんのでご留意を。

みなさん早速アドバイスありがとうございます。
Hit-C様
ウィルスソフトは使ったことがありませんが、導入について検討中です。
ぴっぴ様
この部分ですが、もう少し詳しく教えていただけますか？
>偽装したcommandの実行とは考え難いです。
信用のおけないsiteからzip (mov, jpg, etc.)を落とさせ解凍で実行する。だと消去のほうが得意です。:-)
capello様
ディスクの修復もおこないましたが、異常は見られませんでした。

> 詳しく教えていただけますか？
信用のおけないsite(悪意の)に行って画像などを落として解凍すると画像などに偽装したcommandを実行されてしまいますので危ないsiteへは訪れない、解凍はcommand+Iでkindを確認してから解凍する。backupは行って下さい。
Safe Terminalを入れておくと偽装commandをdouble-clickすると警告が出ますが安全なものに対しては何も行いません。
[move]
mv /Volumes/A/aaa /Volumes/A/bbb # aaaをbbbに名前の変更
mv /Volumes/A/aaa /Volumes/B/ # aaaを/Volumes/B/に移動
# [path to A][pah to B]と2つのpathが必要です
[remove]
rm -R /Volumes/A/*
/Volumes/A/B/a, b, c ... /Volumes/A/ # /A/以下を消去
# pathは1つ、wild card (*)を使えば名前が分からなくてもOK
# -Rを使うとfolderも含めて消去
"Safariはshell scriptを自動的に実行する", 2006/02/21 1:18pm

> 解凍はcommand+Iでkindを確認してから解凍する
最近のにはあまり効かないかも。
ファイルの種類は gif でも、変なコードが隠されているものがあります。
ま、そういうのは何となく怪しいと分かります（そういう直感力も養う必要があるかも）ので、そういうのには近かずかないことです。

GW中で返事が遅くなってしまいましたが
みなさん色々なアドバイスありがとうごいました。勉強になりました。
とりあえず「怪しいサイトやファイルには近づかない」
「バックアップを取る」を守り、しばらく様子を見てみることにします。

　念の為、Finder の Mac ヘルプで「ディスクへのアクセス権がない」を検索してみて、そこに書かれていることとは反対に、「このボリューム上の所有権を無視する」チェックボックスのチェックマークを外してみては如何でしょうか。