本来はシステム条件を満たしていないキーボードであっても、ファームウェアレベルでは認識するのだと考えます。
現に手持ちの「Apple Keyboard (テンキー付き - JIS)」にて、iMac G4 や iMac DV などでスタートアップマネージャやPRAMクリアが可能です。
http://store.apple.com/jp/product/MB110J/A?fnode=MTY1NDA1Mg&mco=MTEyNzA0NDQ
(iMac Mid2007付属のブツですが)
Mac OS X 10.3.x やそれ以前では特殊記号がずれたりしますが、起動時のキーコンビネーションは問題なく使えます。
なので、ファームウェアでのトラブルでは無いでしょうか?
(ここからは、少し自身がありませんが……)
<Mac OS X の起動プロセス>
・電源投入 → メモリなどのセルフテスト(POST)
・起動音の後 → EFI や Open Firmware が入力デバイスをチェック
・グレー画面 → 起動ボリュームの BootX をロード
・リンゴマーク → BootX がカーネルを初期化/カーネルが I/O Kit を初期化
・リンゴ下回転 → I/O Kit がデバイスドライバ(KEXT)を読みにいく
Intel Mac だと、EFIプログラムが管理するのだと思いますが、そこの問題なのでは?
Intel ベースの Mac の EFI および SMC ファームウェアアップデート
http://support.apple.com/kb/HT1237?viewlocale=ja_JP
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