私のところではスリープとスクリーンセーバーの障害は出て無いので参考になりませんが。(スリープを2分程し、復帰したテストです)
Temperature Monitorなら、Preferences>General>Update Interval>S.M.A.R.T. Hard Disk Sensorsのチェック間隔を長めにとってやればスリープに入るようになるはずです。
1sにしてスリープもしても、復帰も一瞬で戻り問題は出ておりません。初期状態では10sだったのか?1minだったのか?忘れましたが、Temperature Monitorで問題が出ているなら初期状態で使われてはどうでしょうか?
S.M.A.R.T.を1sにするとRaptorが「カタ...カタ...カタ...カタ...カタ...」と1秒毎にリズムよくアクセスしてる音が聴こえますよ。7200RpmのHDDなら気がつかない程度の音なのかな?と思います。
# ちなみに私のところでスリープ障害を起こすことを確認しているアプリは、Mactracker, Safari(Youtube),
SafariでYoutubeの動画を再生中にスリープをさせてみました。がスリープに入るのが1s程遅く、スリープから復帰も若干(2s程)のもたつく様な感じで復帰し、動画は続きから自動で再生されてました。CPUの使用率が普段より高いとスリープに入るのが遅れるみたいです。
スクリーンセーバにすると、Youtubeの動画は再生されたまま音だけ聴こえますね。
10.6.3にしてから長時間のスリープを試してないので何とも言えませんが、今現在は問題無さそうです。