お困りのようですね。私もこの問題に今更ながら直面しています。
まず、Xcode 3.2.3でのJavaの開発テンプレートですが、Xcode 3.1のJavaのものをしかるべきフォルダ
/Developer/Library/Xcode/Project Templates
に持ってくれば、テンプレートはすぐに移行できます。それで、XcodeでのJavaのファイルのエンコーディング
は、antベースなので、build.xmlに、次のように書けば通る(encoding="SJIS"の部分)かと思いきや、
<javac deprecation="on"srcdir="${src}"destdir="${bin}"
source="1.5"target="1.5"encoding="SJIS"
includeAntRuntime="no"
classpathref="lib.path"debug="${compile.debug}">
エラーメッセージまではエンコードしてくれず、困っております。さて、一番簡単なWork aroundですが、
Xcodeを英語モードで起動することです。そのやり方は、「システム環境設定」の「言語とテキスト」の
ペーンにおいて、「言語」タブの優先順位を「English」にしておきます。そうして、Xcodeを起動します。
後のアプリケーションのために、優先順位は日本語に戻しておいてください。
そうすると英語で起動されますので、エラーメッセージも英語で記述してくれます。
たぶん、このバグは、昔からあるバグ(ターミナルの表示なども\223\223…みたいになる)なので、
今更変更してくれないと思うのですが、
/Developer/Applications/Xcode.app/Contents/Resources/Japanese.lproj/
の下にある.nibファイルはコンパイルされているようで、手のつけようがありません。困ったものです。
ということで、2ヶ月近い遅いフォローですが、英語モードでXcodeを使ってみて、なんとか凌いで
下さい。