私も以前は自分のデータは自分でフォルダにて管理していましたのでiPhotoやiTunesなど新しいデータ管理方法のアプリが出て来た時には悩みました。お気持ちお察しいたします。
「Windows での表示またはプロ品質のプリント用に CD または DVD を作成する」ですが、もともとユーザが管理用に作っていたフォルダはiPhotoはそれを感知いたしません。ですのであくまでも見たいアルバムを選択し、その中の写真を書き出すという事です。見たいアルバムが複数ある場合はそれを繰り返すことになります。つまり一括で書き出すとそれぞれを別フォルダに分ける事は出来ません。
もし日付ごとに写真を書き出したい場合はスマートアルバムでその日付の写真だけが含まれるものを作りそれを書き出すことになります。
また、写真を他人に渡すのではなく単にバックアップが目的でCDに焼くのであればTime Machineを使われる方が便利ですし、iPhoto用のCDを作るのであれば
共有>ディスクを作成を使うという手もあります。
iPhotoを使った写真の管理の一連の流れですが
1.デジカメをMacにつなぐ
2.iPhotoでデジカメからMacに写真を移す(管理はiPhotoまかせ)
3.見たい写真をユーザがアルバムにまとめる
4.もしくはスマートアルバムで各種情報をもとにiPhotoが勝手にアルバムを作ってくれる
となりますのでユーザが任意でフォルダで写真を管理することはできません。(というか必要がなくなる)
これはこれで便利ですのでこっちになれるとフォルダ管理よりも便利ですよ。