キーボードの割り当てが、元に戻りません

Mac book pro（15.4inch/2.53GHz/4GBのモデル）を使用しています。

いつも「環境設定／修飾キー」で、キーボードの割り当てをカスタマイズして使っているのですが、

その割り当てが上手く作動しないソフトウェアがあったため、一度ディフォルト状態にリセットして再度割り当てようとしたところ、

「ディフォルトに戻す」ボタンを押しても、元に戻らないという事態になってしまいました。

ただ単に戻らないのではなく、表記としては初期状態になるのですが、キーがそれに連動していないという状況です。

（再起動しても戻りません）

また、以前使用していた割り当てとは一部異なっており、困惑しています。

現在の割り当てられ方は下記の通りです。

（※上記でも書きましたが、修飾キーの設定パネルではすべてデフォルト状態で表示されています。）

（実際のキー→割り当てられているであろうキー）

caps lock→反応なし。アクションなしになっているのかも

control→caps lock

option→command

command→command

少し心当たりがあるとすれば、本日購入した「apple key board（テンキー付き）」を接続したことですが、

直接関係があるのかは分かりません。

これはハード自体の問題になりますか？

だとすると、修理に出す必要があるのでしょうか…

解決方法を知っている方がいらっしゃいましたら、ぜひ教えていただきたいです。

よろしくお願いします。