下記の方法を実行すればSafariの殆どのトラブルは直ると思います。
# アクセス権、拡張属性が正常になるメリットもあり快適になる
1. Safari.appを終了する。
2. BackupするFiles...
$HOME/Library/Cookies/Cookies.plist
$HOME/Library/Preferences/com.apple.Safari.plist
$HOME/Library/Safari/Bookmarks.plist
$HOME/Library/Safari/WebpageIcons.db
3.消去するFile/Folder…
$HOME/Library/Caches/com.apple.Safari
$HOME/Library/Caches/Metadata/Safari
$HOME/Library/Cookies
$HOME/Library/Preferences/com.apple.Safari.RSS.plist
$HOME/Library/Preferences/com.apple.Safari.plist
$HOME/Library/Safari
4. Safari.appを起動して終了する。
# Safariが初期化されTop Pageを表示したら適当に終了する
5. Fileを取り替える。
# Cookies.plist, com.apple.Safari.plist, Bookmarks.plist, WebpageIcons.db
注意 Cookies.plistは入れないで試すほうが良いかも知れません。
# Shell Scriptを実行すれば一瞬で終わるのですが...
追記 4. が終わったらBookmarks.plistをDesktopに置き、Safari.appを起動してBokkmarksを取り込み、Bookmarksに登録してあるSiteを全て訪れても良いです。com.appl.Safari.plistの設定は難しくはありませんし、CookieもIDとPasswordを記憶していれば難しくはないと思います。これを行うと、Safariに関しては全てのFile/Folderのアクセス権、拡張属性が正常になります。