複数フォルダに格納されたファイルを1つのフォルダに移動したい

そりゃあ、ファイルの数にもよるでしょうし、ファイルの性質（なにか共通の性質があるかとか）にもよるでしょう。これだけでは何とも。

まずは、Finderで検索ですかね。

それらのフォルダのある階層のウインドウを開いて（その前に、Finder環境設定/詳細/検索実行時：現在のフォルダ...に設定）、⌘+Fを押すと検索状態に入り、いろいろな検索ができるようになります。

左端の検索属性は、デフォルト以外にも、その他を選択すると無数に追加できますし、右端の「+」ボタンを押せば検索属性を追加してさらに絞り込めます。

また、このボタンを押すときにオプションキーを押しながらだと、検索条件も変更できます。

「保存」を選択すれば、スマートフォルダとして検索条件を保存してくれます。

これなら、いちいちフォルダ分けしなくてもOKというわけです。

このスマートフォルダ、ユーザ/ライブラリ/保存済みの検索条件に保存されますが、どこに移動しても大丈夫です。

私が、もしそれをやるなら、

1.まずまとめたいフォルダを1つのフォルダに集める。

2.そのフォルダを開く。

3.Spotlightで、そのフォルダを0KB以上の容量のファイルを検索。

4.検索結果を全て選択。

5.「2.」のフォルダに放り込む。

でやります。

但し、元に戻せなくなります。