safariだけ同期させない方法

MacかiPadのどちらか(もしくは両方)のブックマーク同期をオフにすればよいと思います。

iPadのiCloud同期を設定する場合、以下のページの「3 設定をカスタマイズします。」を参考にしてください。

http://www.apple.com/jp/icloud/setup/

MacのiCloud同期の設定は、以下のページの「2 iCloudをオンにします。」を参考にしてください。

http://www.apple.com/jp/icloud/setup/mac.html

早とちりしてしまいました。takanoさん、ご指摘ありがとうございます。

PHXさん、勘違いのコメント、ご容赦ください。

10.6 だったら iTunes 経由か mobileme だと思います。 iTunes だったら、iTunes のデバイス＞iPad＞情報、のところ。mobileme だったら（いろいろやり方はありますが）、iPad の設定＞メールとカレンダーとなんちゃら＞mobileme のアカウントのところで同期対象から外す。