こんにちは
ご質問ありがとうございます。当方の環境にてQuickTimePro7を用いて字幕を挿入してみましたので、その手順を紹介いたします。
お役に立てれば幸いです。
■字幕挿入手順
1.入力のsrtファイルは(1)の例とします。
2.これを、(2)のQTテキストトラックのようにテキストエディタ等で編集しなおし保存します。
※単純な変換なので変換プログラムで自動処理することも可能かと思います。
3.保存したテキストファイルをQuickTimePro7にドラッグ&ドロップします。
4.字幕ムービーが表示されます。これを保存します。

5.編集>すべて選択>コピーをし、ムービーを閉じます。
6.字幕を挿入したいAVIムービーをQuickTimePro7で開きます。
7.編集>すべてを選択>選択範囲を追加して調整、で字幕が挿入(画面上部)されます。保存します。
8.ウインドウ>ムービーのプロパティを表示、テキストトラックを選択、ビジュアル設定を選択、オフセットを0x0→0x480 returnで字幕位置が画面下部に変更可能。保存します。
--(1) srtファイルの例:sample.srt
1
00:00:00,000 --> 00:00:03,000
おはよう。Good Morning.
2
00:00:03,000 --> 00:00:06,000
こんにちは。 Good Afternoon.
3
00:00:06,000 --> 00:00:09,000
こんばんわ。 Good Evening.
--(2) QTテキストトラック例:QTtext.txt (Shift-JIS, CR+LF)
{QTtext} {font:Osaka}{plain}{size:18}
{textColor: 0,0,0}{backColor: 65535, 65535, 65535}{justify:center}
{timeScale:1000}
{width:640}{height:32}
{timeStamps:absolute}{language:11}{textEncoding:0}
[00:00:00.000]
おはよう。Good Morning.
[00:00:03.000]
こんにちは。 Good Afternoon.
[00:00:06.000]
こんばんわ。 Good Evening.
[00:00:09.000]
動作環境
-Mac OSX 10.6.8 Snow Leopard
-QuickTime Player 7 Pro 7.6.6 (1710)