Emagic 時代の Logic は ProTools のハードウェアと相性が良く、また当時の ProTools Software はオーディオ編集はともかく MIDI の部分が良くなかったので、Logic と digidesign の DSP カードや Audio I/F を組み合わせる人も多かったです。そのためには、Logic と ProTools を同時使用可能な環境を構築する必要がありました。
今は、そうする必然性も薄れた(Logic のオーディオ編集、ProTools の MIDI 編集共に格段に進歩した)ので、共存させるかどうかは、ほとんど趣味の領域だと思います。基本的に Logic で良いけど、部分的に ProTools のプラグインが欲しい、逆に ProTools メインで作業していて、このパートだけ Logic の内蔵音源で鳴らしたい、とか、そういう欲求が出てくるかどうかで決めれば良いのでは。
共存させた場合一番問題になるのは、ProTools の OS やハードウェアの変化に対する過敏反応でしょう。ソフトウェアアップデートを自動にしていてセキュリティアップデートが当たっただけで、ProTools の動作に支障が出ることがあります。すべてのパッチは、digidesign の検証を待ってから当てるということになります。
セキュリティアップデートすら気軽に当てられないとすると、極論すればネットワークに常時接続することも危険なことになってしまいます。だから、ProTools の環境は Logic 他の環境と隔離しておいたほうが、どちらのためにも無難ではありますね。
ここで書いてるのは、Mac Pro に DSP カードを組み込み、専用の Audio I/F 他を組み合わせる大規模 DAW システムとしての ProTools の話しなので、USB 接続の Audio I/F で運用する ProTools LE(今もこの名称は使われているのかな?)のことではありません。LE の場合は、もっと気軽に考えて、共存もありと思います。