PDF書類がアップロード出来ません。

以前のiDiskのような使い方は出来ないのでしょうか？

できません。

PDFを扱う方法は多岐にわたりますが、純正だけで作業するなら、iTunesからiBooksに転送するか、メール添付で送る方法となります。

自分はDropboxを経由して、iDiskのような使い方をしています。

失礼致します。

iWorkでPDFを受け付けてくれません。

とのことですが、iWork.comのことでしょうか？　それとも、iCloud.comでのことでしょうか？　どちらも、本来、PDFファイルを受け付けない（アップロードできない）仕様になっていると思います。　また、iWork.comは本年７月３１日で機能を停止する予定です。

以前のiDiskのような使い方は出来ないのでしょうか？

MobileMe.comでのiDiskのことであれば、６月３０日までですが、利用可能だと思います。　iPadにはiOS用のiDiskアプリケーションが利用できますよ（６月３０日まで）。　７月からはiDiskが機能を停止致しますので、Hit-Cさんのアドバイスの様に何らかの代替機能を利用する必要があります。