MIDIキーボード(USB接続) の認識がされない

普通は Audio MIDI 設定に認識された MIDI 機器は、そのまま Logic でも認識されるはずなんですが、不思議ですね。

• エンバイロメント＞クリックポートで、フィジカルインプットで Oxygen61 に該当するものがあり、ケーブルも接続されているか、チェックする。
• Logic ではなく GarageBand で使用できるかチェックしてみる。
• KeyRig 49 のドライバがバッティングしていることも考えられるので、きちんとアンインストールする。
• おそらく Oxygen 61 のほうが KeyRig 49 より電力消費量が多いのではないでしょうか。接続する Mac mini の USB 端子を変更したり、AC アダプタを使用するなど、そのあたりの対策もしたほうが良いと思います。

GarageBand で問題無いということは、Logic の初期設定かアプリケーションそのものが問題を起こしている可能性が高いです。

• 初期設定（./Users/Library/Preferences/com.apple.logic.pro.plist と ./Users/Library/Preferences/com.apple.logic.pro.cs）を削除してから Logic を起動。Logic の設定がデフォルトの戻ってしまうので、必要なら先のファイルはバックアップしておいてください。
• 新規にユーザーアカウントを作成して、そちらで Logic を使ってみる。

これのどちらかで正常に戻るようなら、初期設定が壊れてしまってるんだと思います。どちらも効果が無いようなら、Logic のアプリケーションが壊れてる可能性が高いので、再インストールしたほうが良いと思います。

KeyRig に関しては、ユーザーじゃないので分かりません。メーカーのサイトをチラっと見てみましたが、ドライバーは不要なタイプでしょうか、それなら元からインストールされてないですよね。また、チェックされた様子から、特に悪さはしてないようなので、放置で良いと思います。