DNSサーバーのセカンダリの設定方法について

> 基本的に ns1 のバックアップとしてセカンダリはあるとおもう

その通りです。

でも、ns1 がつぶれた状態を想定してください。ns2 にレコードがなければ、即、dnsが引けなくなります。つまりそのドメーンがインターネット上からなくなってしまい、そのドメーン宛のパケットは（たとえサーバ自身は健在でも）届かなくなります。なので、2ndary dns の方にも、primary のドメーン全部のコピーを持つようにしておきます。またこうしておけば、2ndary dns を、単なるバックアップというよりは、負荷分散として利用できます。

primary dns と2ndary dns の一番の違いは、dnsデータのオリジナルを持っているか、primary のコピーしか持たないか、という点だけです。データ自身は１セットすべて持ちます。

> ns1 と同様にレコードを1つ1つ登録しなくても良いということで良いのですよね？

ちょっと意味がもう一つ分かりませんが、2ndary dns には、ホストのレコードは登録しなくてもよいです。named の設定ファイルでゾーン転送を記録するファイルを指定していると思いますが、ゾーン転送で、ホストのレコードは，あらかじめ決められたタイミングですべて自動で転送され、指定したファイルに記録され、dns 要求を受けたときには、そのファイルからdnsデータが返されます。こういう仕組みなので、プライマリーdnsと同じデータを返すことが保証されます。ただ、プライマリーの dnsサーバが複数のゾーンをホストしているなら、それぞれのゾーンで同じ設定をしておく必要があります。でないと、設定漏れのゾーンは転送されません。