移行アシスタントで移行したデータの削除

> アプリケーション等を削除するためにはPC自体の初期化を行わなければならない

ですね。

iMac G4 からの移行だと、アプリは、ppc 用だし、古いこともありますし、ほとんど使えないでしょう。これらは移行しても、新しいMac Book Pro にはゴミになるだけでしょう。場合によっては動作が遅くなるなど悪い影響も考えられます。移行するとしたら、iTunes や iPhoto のライブラリなど、ユーザデータでしょうか。

リカバリーディスクで立ち上げ、ディスクを初期化して、システムをクリーン再インストールして、最初からやり直す方がよいのでは？

移行したユーザーを消してもアプリケーションは消えません。消えるのはユーザーデータのみですよ。