SSDやメモリを換装するとサポート対象外になるんでしょうか。

Appleがエンドユーザに認めた作業なら、それ（御自身での換装等）が原因で故障した場合等を除き、保証修理は受けられます。

昔のMac miniみたいに開腹自身が認められておらず、メモリーの増設すらエンドユーザが行うと保証が無効になってしまう場合もありますが、多くの場合、メモリーの換装や増設は問題ないですね。

ちょっと、現行のMacBook Proのマニュアルがwebページにないのですが、MacBook Pro Late 2011のマニュアルを見ると、

「この章では、MacBook Pro のハード・ディスク・ドライブをアップグレードする場合、およびメモリを増設する場合の情報や手順について説明します。

警告： Apple では、交換用ドライブとメモリの取り付けを、Apple 正規サービスプロバイダにご依頼になることをお勧めします。Apple の連絡先などは、付属のサービスとサポートに関する資料に記載されています。交換用ドライブまたはメモリの取り付けをご自分で行われる場合、装置が故障する危険性があります。ご自分で行った作業が原因で発生した故障に対して、製品保証は適用されません。

お使いのMacBook Pro のバッテリーは、ユーザには交換できません。バッテリーの交換が必要と思われる場合は、Apple Retail Store（Apple Store 直営店）またはApple 正規サービスプロバイダに問い合わせてください。」

とありますので、（MacBook Pro Late 2011では）エンドユーザに認められた作業ですね。

まぁ、気になるなら、Appleに問い合わせた方が良いと思いますけど。

追記；

たぶん、MacBook Pro Retinaは違うと思います。