ずいぶん間をおいてしまいましたが,ポチポチとやり取りがあったAppleとの連絡もこれ以上話が進まないようなのでここでまとめにしておきます.
iTunes の購入済み画面ではアルバム全曲購入済みとなっている(画面は iTunes11)

コンプリート・マイ・アルバム(以下CMA)画面では Hot for Teacher のみ購入済みとなっている.


最終的にきたメールは2012.12.12でこの後指示によりWEBのフィードバックにも連絡したが特に応答なし.
CMAが適用されるか否かについて,アルバムにより最初の購入から何日以内という条件が付いている場合もあるようなので,上記のアルバムがCMAの対象となるか,下記のメールの前にこちらから送ったメールで確認を求めましたがスルーされています.
「アカウント名をご変更になったことが関連している可能性」というのは他に説明は特にありませんでしたが,XX@mac.comとXX@me.comがちゃんぽんになっていることだと思われます.
*名前は伏せ字にしています.
> XX様
>
> ご連絡を頂きましてありがとうございました。
>
> コンプリートマイアルバムに、以前ご購入頂いた曲が表示されてしまうとのご報告を頂いておりまして、大変にご迷惑をおかけしております。
> iTunes 11になっても改善されないとのことで、現在も調査中ですが、他には問題が報告されていない事から、おそらくXX様のアカウント名をご変更になったことが関連している可能性があります。
>
> ご指摘の通り本来ならば、購入済みの音楽が全て表示されるべきで、その差額分がコンプリートアルバムのご購入金額として明示されなくてはならないはずです。便利な機能としてご紹介させて頂いているにも関わらず、大変にご不便をおかけしまして、申し訳ございません。
>
> この件で、お客さまのリクエストが確実に反映されるように、下記のページにある専用のフィードバックフォームを使い、担当チームに送信いただけますようお願いいたします:
>
> http://www.apple.com/jp/feedback/itunesapp.html
>
> また、ご購入の際や、ご請求について何か問題がありましたら、サポートさせて頂きますので、いつでもご連絡ください。
付加情報(心当たり)としては,
該当アルバムを最初に購入したのは2008年3月,その後2012年2月に iTunes Plus アップグレード.
iTunes Plus アップグレードの際に,以前の曲とPlusの両方がライブラリに残っていて iPhone と毎回同期される(曲をかけていなくても)トラブルがあり,重複ファイルを手動削除しています.
(このアルバムであったか記録は残していませんが,記憶ではこのアルバム)
他に気になる点としては、自分のライブラリ上でアーティスト名が「ヴァン・ヘイレン」でわざわざフリガナで英語名を入れていたのに,現在の iTunes store はアーティスト名が英語表記になっている(ように見える)ことでしょうか.
今回スクリーンショットは iTunes 11 で取っていますが,前のバージョンでも同様でした.(最初は9月の投稿なので当然ですね)
今日気がついたところでは,椿屋四重奏のアルバム「薔薇とダイヤモンド」でも,プロローグ,手つかずの世界,砂の薔薇,螺旋階段 と4曲買っているはずなのにCMAではプロローグが未購入になっています.