グッドリーダーでダウンロードしたデータをUSBメモリーにバックアップする方法が知りたいです。

パソコンにつないで、iTunesからバックアップしたいファイルを選択して保存します。

iTunes＞デバイス＞iPad（iPad名）＞ファイル共有＞GoodReader

まぁ、間違いないと思いますが、念のために補足。

GoodReaderアプリ>My Documents（の直下）にダウンロードしたファイルを保存して下さい。

この場所だけが、iTunesのファイル共有で表示されます。

もし、違う場所に保存した場合は、[Acitions]をタップし、目的のファイルを選択してMove (もしくはCopy)でMy Documentsに移動させて下さい。