ディスク障害でiTunesデータを全て消失

iTunesをインストールしていたPCにハードディスク障害が発生し、iTunesのシステムやデータのみならず、全てのデータが消失してしまいました。

不幸中の幸いで、メーカーの保証期間内であり、PCは新品同様で戻ってきました。

Windows7の設定や、マイクロソフトオフィス等の再インストールは、難なく終え、iTunesのインストールをしようと思った時に、ふと疑問が生じ、本コミュニティに質問させて頂いています。

データ消失する以前のiTunesには、iPhone5とiPadを同期しており、両機の中には、有料の音楽コンテンツ（iTunes Store からダウンロードしたもの）や、自身の音楽CDから取り込んだもも、当然のように有料アプリなどが、多数入っています。

新しいPCに、新しいiTunesをインストールし、iPhoneやiPadをつなげると、どのような事態になるのでしょうか。

iPhone内部のデータが、PCのiTunesに取り込められれば良いのですが、新しいiTunesがiPhoneと同期してしまうと、音楽ファイルなどが無くなり、空のiPhoneになってしまうのではと、そんな不安にかきたてられ、質問させて頂きました。

問題の有無や、対処方法を宜しくご指導願うものです。