iTunesで動画の保存場所を変えたい

確定的なことは言えませんが、できないと思います。

現在、iTunes Storeで販売されているビデオにはHD版とSD版があります。iTunesでは1つのビデオですが、実態は2つのファイルになり、それらを同じフォルダに収納しています。この仕様のため、iTunesのビデオ1項目が1フォルダになる仕様になったのだと思います。

動画の管理にiTunesを使わないか、iTunesに完全に任せてフォルダを見ないか、いずれかではないでしょうか？

（iTunesの挙動を変更する方法についてコメントが付くことを期待します。）

同一パーティション内なら、そのままムービーファイルを任意の場所に移動させてもリンクは途切れませんよ。

私は、

〜/Music/iTunes/iTunes Media/Movies ではなく、

〜/Movies/[任意のフォルダ]

にFinder操作（ドラッグ＆ドロップ）で移動させていますが、リンクは途切れませんでした。

但し、内蔵HDDの別パーティションに移動させ、オリジナルを消した場合は、iTunes ライブラリのファイル名の前に！が表示されます。この場合、ライブラリ内のタイトルをクリックして、新しく保存した場所をFinderで探して、リンク切れを修正する必要があります。